羊轮状病毒-NT株的全基因组测序及比较分析

来源 :中国科学院北京基因组研究所 | 被引量 : 0次 | 上传用户:suyi0911
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轮状病毒是哺乳动物和鸟类病毒性腹泻的主要病原,极大影响了人类的健康生活和畜牧养殖工作,造成了巨大的经济损失。2008年12月,轮状病毒在我国广州再度流行,平均每天有200-300名儿童感染就诊。而目前对初冬感染轮状病毒的婴幼儿患者,没有临床特效药能进行快速治疗。   在青海省流行轮状病毒期间,我们从患有腹泻的羔羊粪便中分离得到羊轮状病毒,经猴肾细胞MA104传代培养后得到羊轮状病毒-NT株。为了研究它的进化机制和遗传变异规律,我们利用RT-PCR测序技术,完成了其全基因组测序的工作。另外,我们还对三株羊-人轮状病毒重配株(羊轮状病毒-NT株VP7基因分别与G1,G2和G3型人轮状病毒VP7基因的重配)进行全基因组测序,测序实验证明重组成功。   通过与17株不同轮状病毒的全基因组核苷酸序列进行比较发现,羊轮状病毒-NT株与羊0VR762株(分离自西班牙)具有高度的序列相似性(84.2%)。序列比较和进化分析还表明羊轮状病毒-NT株属于G10P[15]/NSP4[A]/SG1基因型。数据分析表明,除NSP1基因外,大部分基因片段的氨基酸保守性程度高于核苷酸,说明大部分基因在进化关系中受到负向选择,与外界选择压力关系不大。   氨基酸序列联配表明,尽管轮状病毒各蛋白的氨基酸序列呈多样性,但蛋白功能区的变异较小。这些保守的功能区与病毒的复制和感染等功能的维持具有非常重要的意义。然而,发生在非功能区的氨基酸突变是否也会引起轮状病毒功能的改变还不清楚。   对重配株的测序研究表明,轮状病毒各基因片段可以在体外实现重组和筛选。但重配株是否具备预期的疫苗功效及其安全性和有效性等特性还有待进一步的临床研究。
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