长链非编码RNA遗传变异及其组织表达水平与结直肠癌的关系研究

来源 :浙江大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:xiaoyun1986
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研究背景和目的结直肠癌(colorectal cancer,CRC)的发生发展是环境因素与遗传因素共同作用下多阶段、多步骤的过程,基因的遗传变异可影响肿瘤的易感性,长链非编码RNA(longnon-codingRNA,lncRNA)及其遗传多态可能与结直肠癌的发生和发展相关。我们在前期研究中发现了与结直肠癌发病风险相关的5个lncRNASNPs位点(MALAT1rs1194338、RP11-650L2.2rs149941240、RP11-108K3.2rs2470151、RP11-392P7.6rs10845671 和 RP11-3N2.1 rs13230517)。本研究拟分析上述5个与结直肠癌发病风险相关的lncRNA SNPs与结直肠癌的进展和预后的关系,同时进一步明确lncRNA SNP是否通过影响其结直肠癌组织的表达进而影响结直肠癌的进展和预后,以发现潜在的与结直肠癌进展相关的分子标志物。材料和方法研究以杭州市人民医院2013年5月到2013年12月期间和绍兴市人民医院2015年1月到2015年6月期间确诊的193例结直肠癌患者为研究对象,收集其临床基线资料,采集其手术切除的结直肠癌组织和癌旁组织标本,并通过医院的随访系统获得其预后信息。实验室检测包括:抽提组织DNA,采用MassARRAY技术对检测SNP基因分型;同时,抽提组织RNA,采用定量RT-PCR手段检测lncRNA组织表达水平。统计分析包括对研究对象的基本特征进行统计学描述,并对目的研究因素进行统计学推断。其中,采用卡方拟合优度检验Hardy-Weinberg遗传平衡;采用配对t检验比较1 nc RNA在结直肠癌组织与癌旁正常组织的表达差异;通过方差分析比较不同基因型的lncRNA组织表达水平差异;采用Cox比例风险回归模型分析lncRNASNP基因型、不同组织表达水平对结直肠癌死亡风险的影响,同时采用Kaplan-Meier法绘制生存曲线,分组比较采用log-rank检验。数据整理与分析过程主要采用了 SAS9.4、GraphPad Prism 5等软件。结果研究纳入的193例结直肠癌患者中,男性124人,女性69人,中位随访31.5月。由于DNA标本存量和质量问题,研究最终对153名对象的rs1194338、rs149941240、rs2470151、rs10845671 和 rs13230517 成功进行了检测分型,5 个 SNPs均符合Hardy-Weinberg遗传平衡定律。对于lncRNA基因多态性与结直肠癌病例的预后生存分析发现,lncRNA SNP rs1 194338、rs149941240、rs2470151、rs1 0845671和rs13230517的不同基因型与结直肠癌死亡风险不存在有统计学意义的关联效应(P>0.05)。在lncRNA组织表达的定量分析中,RP11-108K3.2、RP11-392P7.6和RP11-3N2.1没有特异的扩增引物,研究最终只对MALAT1和RP11-650L12.2的表达水平成功进行了检测分析。对于癌组织及其相应的癌旁组织的lncRNA组织表达(ACT)差异分析,MALAT1和RP11-650L12.2在结直肠癌组织的表达水平低于相应的癌旁正常组织,且差异有统计学意义(P<0.05)。同时,对于携带不同基因型个体的结直肠癌组织表达水平(-△△CT),分析发现,对于MALAT1rs1194338,不同基因型携带者结直肠癌组织MALAT1表达水平总体上存在有统计学意义的临界差异(P<0.05),AA基因型携带者其结直肠癌组织MALAT1表达水平高于CC基因型携带者(P<0.05);而对于RP11-650L12.2rs149941240,不同基因型携带者结直肠癌组织RP11-650L12.2表达水平总体上不存在有统计学意义的差异(P>0.05)。对于lncRNA组织表达水平与结直肠癌病例的预后生存分析发现,MALAT1、RP11-650L12.2结直肠癌组织表达与结直肠癌的死亡风险不存在有统计学意义的关联(P>0.05)。结论本研究未发现 MALAT1 rs1 194338、RP11-650L12.2 rs149941240、RP11-108K3.2rs2470151、RP11-392P7.6rs10845671、RP11-3N2.1 rs13230517 不同基因型对结直肠癌的生存预后存在影响。本研究发现,相比癌旁正常组织,MALAT1、RP11-650L2.2在结直肠癌组织中表达下调;MALAT1rs1194338不同基因型携带者结直肠癌组织MALAT1表达存在差异,RP11-650L12.2rs149941240不同基因型携带者结直肠癌组织RP11-650L12.2表达不存在差异:MALAT1、RP11-650L2.2结直肠癌组织表达对结直肠癌的生存预后不存在影响。
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