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现代企业制度的核心是公司治理和内部控制。良好的公司治理和内部控制是企业增强竞争力和提高经营绩效的必要条件，是保护所有者及其他利害相关者，保证现代市场体系有序、高效运行的微观基础。公司治理结构是保证内部控制制度功能发挥的前提和基础，内部控制制度在公司治理中处于内部管理监控的位置。公司治理是否能够真正产生作用，很大程度上要依赖内部控制的建设。鉴于公司治理和内部控制之间的密切关系，将两者分离开来进行研究不会产生具有根本变革意义的结果。
本文将公司治理结构与内部控制制度结合在一起，对两者之间的互动关系进行研究。在理论分析的基础上，运用实证研究方法，考察了公司治理结构与内部控制制度之间的互动关系。实证研究部分主要通过主成分分析法，分别提取出公司治理结构和内部控制制度的主要因子，综合评分后作为因变量进行回归分析。
本文的研究分为五个部分.第一部分，介绍本文的研究背景及选题意义，并对国内外研究现状进行简单的回顾和评价。第二部分是公司治理结构与内部控制制度的基本理论部分。在这一部分，分别以委托代理理论、利益相关者理论和契约理论为依据，对公司治理结构与内部控制制度的关系进行分析。第三部分，主要从股权结构、董事会结构和监察机构三个方面分析了公司治理结构与内部控制制度之间的互动关系。第四部分，运用实证研究的方法对上市公司治理结构与内部控制制度的互动关系进行研究。分别研究了公司治理结构相关因素与内部控制制度的相关性和内部控制制度相关因素与公司治理结构的相关性。最后，通过实证得出结论：第一大股东的持股比例与内部控制制度负相关；股权制衡度与内部控制制度正相关，董事会规模与内部控制制度效率正相关；高管人员的年薪总额与内部控制制度正相关，设置专门委员会的公司的内部控制制度高于未设置的公司，管理费用率与公司治理结构相关，净资产收益率与公司治理结构正相关；每股收益与公司治理结构正相关。上述研究结果看出，公司治理结构与内部控制制度之间具有相关性，两者是互动并相互影响的。