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目前，功能磁共振成像技术(functional magnetic resonance imaging,fMRI)由于非侵入性和良好的时-空分辨率而成为脑功能研究的重要工具，因而，本论文研究了与该技术有关的两个方面的重要问题，其一是fMRI数据处理方法，其二是中医中针灸机理的fMRI研究。
在第一方面，本论文首先提出了不需要噪声特性假设的一维fMRI信号分析方法。该方法用频谱分析识别不同平稳小波变换时—频尺度里信号的各个成分，经平稳小波变换去除掉其中的噪声成分，模拟和实验数据的分析结果表明该方法显著地提高了关联分析的灵敏度。同时，借助于二次t-检验，本论文修正了传统的二维fMRI信号小波分析方法，消除了这种方法检测结果中的伪影。
在第二方面，本论文利用fMRI技术第一次探讨了针刺激活脑区在性别上的差异情况。发现针刺女性右侧太冲穴主要激活了左侧额叶和Brodmann47区等与焦虑、紧张等功能有关的脑区，而针刺右侧男性太冲穴则主要激活了双侧视觉皮层，这与中医上针刺太冲穴治疗眼病的理论相一致。这些结果说明针刺激活脑区存在性别上的差异，这为针刺机理的深入研究提供了新线索。