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近年来,随着我国对科研经费投入的不断增强,高校在科研研究中所起到的作用日渐突出,其承担的科研项目数量与日俱增。这也使得科研经费的额度不断提高,经费来源日渐丰富,继而为科研经费的管理带来一定的难度,部分高校对科研经费的监管方面也存在一定的缺陷,出现了一些不良现象,这已经引起了社会的广泛关注,显然加强高校科研经费内部控制建设已成为当前的热点话题。本文采用文献研究、理论研究和案例研究相结合的方法,借助文献调研方法搜集不同国家关于高校科研经费方面的研究成果,并在阅读相关科研经费控制法律规范的基础上,对当前科研经费的管理现状和未来发展趋势做到良好的把握,基于内部控制理论提出了针对当前高校科研经费控制问题的相关建议,对实行内部控制的必要性与可行性进行了论证。并且以C高校为案例,对当前C高校科研内部控制的发展现状进行了详细的阐述,并结合现有控制理论,针对高校科研经费管理中相关流程暴露出的问题进行分析,对造成问题的原因进行了解析,以财政部制定印发的《行政事业单位内部控制规范(试行)》为依据,设计出C高校科研经费内部控制优化方案,实现对科研经费使用的良好控制。本文在对C高校经费控制现状了解的基础上,认识到科研经费的内部控制工作的重要性,其是实现科研经费良好内部管理的重要途径,也是避免高校经费腐败问题的重要方法,通过建立完善的控制体制,设置规范的控制方法,能够很大程度上提升经费的使用效率,更好的服务于高校科研活动。