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体外培养的胚胎干细胞会形成边界明确的克隆，一些重要的转录因子如Nanog、Sox2和Oct4对于胚胎干细胞的全能性和自我更新的特性维持十分重要，这些转录因子的表达量会随着胚胎干细胞的分化而降低。当胚胎干细胞分化时，细胞会从克隆中迁移出来，那么这些转录因子是否在维持胚胎干细胞特性的同时，调节细胞的迁移呢？ 为了检验这一点，我们在内源不表达这些转录因子的ECV304细胞内过表达带有GFP标签的Nanog融合蛋白，在划伤实验中发现Nanog能够通过其转录活性抑制细胞迁移。进一步的研究发现在过表达Nanog的细胞中微丝骨架(F-actin)变得混乱，粘着斑(Focal adhesion)倾向于定位在细胞周围以及粘着斑不定位在张力丝（stress fiber）的两端。进一步通过基因表达谱芯片分析差异性基因，在过表达Nanog蛋白的HeLa细胞中有1160个基因有显著变化。在这些基因中，与细胞迁移直接相关的Tmsb4x和Rnd3明显下调，它们是Nanog蛋白的直接下游基因，在ECV304细胞中分别降低这两个基因的表达能够抑制细胞迁移。在胚胎干细胞分化的过程中，Tmsb4x和Rnd3的表达水平随Nanog蛋白的表达下调而上调。而在P19细胞细胞中降低Nanog蛋白的表达量，能够促进P19细胞的迁移，这也进一步在生理条件下验证了这一调控机制。