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金针菇（Flammulina velutipes），是最受欢迎的食用菌之一，具有重要的经济价值。目前金针菇的研究主要集中在栽培学、杂交育种和药用成分与营养成分分析上。本实验室从福建省金针菇主要栽培品种8801菌株FL19菌株原生质体单核化获得W23菌株和L11菌株，并验证其均是无锁状联合的单核菌株；本研究以单核菌株W23、L11及两者杂交所得异核菌株1123为基础研究材料，进行了金针菇基因组和转录组的测序与初步分析。本研究主要研究了以下内容： （1）利用Solexa测序技术对金针菇两个可以交配的单孢菌株W23和L11进行了全基因组测序，并利用测序得到的数据进行进行拼装，获得了金针菇单孢全基因组序列长度分别为35.13Mb（W23）和34.75Mb（L11）；并对两个单孢菌株的拼接结果进行验证、基因预测和基因注释，证实了基因组测序结果的可靠性，并得到了金针菇基因组的大量的基因结构和功能的数据，为下一步基因的筛选、分析等研究工作奠定了基础。 (2)收集W23，L11，1123的菌丝体及1123出菇阶段的原基、伸长期菌柄、伸长期菌盖、成熟期菌柄、成熟期菌盖等共计8个样品，并委托华大进行了转录组测序，我们对测序结果进行了多方面的测序评估证明了转录组测序结果的准确性。并以W23基因组数据作参考进一步对8个样品的转录组数据进行基因表达注释、基因差异表达分析、基因结构优化、可变剪切等分析。构建了金针菇较完整的转录组数据库。 (3)利用金针菇转录组数据以W23基因组为参考对转录组8个样品的差异基因做总体的分析，还分析了1123菌丝、原基、伸长期菌柄、成熟期菌柄之间差异基因显著富集的GO功能分类分析，以及金针菇8个样品在糖酵解、核糖体、DNA复制和细胞周期四个方面的差异基因的Pathway分析。探索金针菇子实体生长发育与基因差异表达之间的关系。 (4)用酸水解法检测了金针菇8个样品的16种氨基酸含量，分析了氨基酸含量变化规律；构建了金针菇的赖氨酸合成途径，并筛选出赖氨酸合成途径中的关键基因，对这些基因进行了的基因结构、可变剪切方面的分析，同时分析了合成途径中关键基因编码的酶的结构与生化性质。 (5)分析了金针菇的谷氨酸合成途径中的相关基因，对这些基因进行了的基因结构、可变剪切方面的分析，同时分析了这些基因编码的酶的结构与生化性质。