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内部控制是企业内部管理的一个重要组成部分，对企业的生存发展具有重要意义。虽然内部控制的概念20世纪才正式提出，但在此之前的漫长人类历史中，内部控制的思想已被应用到人们的日常生活中。内部控制发展到今天，已不是单纯的查错防弊，风险管理的理念已融入其中，如何更好的防范风险、控制风险，已成为内部控制研究的新课题。
虽然内部控制作为企业管理的重要内容提了又提，但财务欺诈事件仍频频发生，国内邯郸银行失窃案、银广厦证券丑闻、中航油事件反映出我国企业内部控制存在薄弱环节，主要表现在：企业内部控制制度不健全；内部控制制度执行不严，形同虚设。内部控制的薄弱将会影响到投资者的信心，影响企业的生存与发展。加强企业的内部控制，已成为刻不容缓的任务。
A研究所作为一家军工科研单位，具有自己的行业特征，业务有一定的特殊性，其内部控制也具有一定的代表性。随着企业规模的扩大，业务的扩展，以及现代化管理的战略要求，构建一套科学而完善的内部控制体系十分必要。本文以A研究所为研究对象，分析其内部控制中的缺陷，旨在引起A研究所对于建设风险管理框架下内部控制系统的重视，运用风险管理和内部控制理论，健全企业的内部控制系统，提高风险管理水平，并为其在内部控制系统构建或改进方面提供可借鉴的参考。
本文采用理论研究与实际相结合的方法，首先对国内外内部控制理论进行了综合阐述，分析了全面风险管理与内部控制的关系；然后对目前我国内部控制制度的发展进行了回顾，总结了我国企业内部控制中存在的普遍问题，并分析其原因，提出加强内部控制的必要性；最后以A研究所为案例，全面分析了其目前在内部控制和风险管理中存在的问题，从控制环境、风险评估、控制活动、信息与沟通、监督五个方面对其进行了评估，并对重要业务(资产管理、对外投资管理、项目管理、预算管理等)重点做了评估，对A研究所的内部控制做出了总体评价，得出A研究所的内部控制还比较薄弱的结论，同时提出了建立全面风险管理下的内控体系，提出了解决问题的相关对策和建议。通过相关措施，力求使其内部控制制度更加合理和健全，更适合该企业的实际情况，更具有可操作性，更有助于实现企业的各项目标。