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在知识经济迅速成长和经济全球化的国际背景之下，知识产权已经成为决定国家科技和经济实力的重要因素。作为我国国家创新体系的重要主体之一，国立科研机构应当积极倡导知识产权，客观面对并努力克服知识产权管理中存在的问题，以提升其知识产权管理的能力和水平。而目前关于知识产权管理的研究多集中在企业和大学层面，对科研机构的相关研究却显不足，这对科研机构知识产权管理能力的提升是十分不利的。正是在这一研究背景之下，论文在实地调研和文献调研的基础上，结合经济学和法学的相关理论，对我国国立科研机构知识产权管理各个环节面临的问题及其成因进行分析，并针对性地提出解决的对策和建议。论文主要有以下几部分：
(1)知识产权管理理论。这一部分首先探讨了知识和知识产品的内涵，由此引出知识产权制度诞生的必要性，并引用劳动财产权理论和激励理论对知识产权的正当性进行理论说明。接下来，对知识产权管理的内涵和相关的经济学和法学的理论进行了阐述，为下文的分析提供了理论基础。
(2)我国国立科研机构知识产权管理的现状。国立科研机构主要是指中央政府投资建立的科研机构，其独特的功能和性质定位，决定了其知识产权管理具有与高等院校和企业不同的特点。知识产权法律制度的建设和知识产权意识的逐步提高带来了我国国立科研机构知识产权产出数量的大幅增长，然而国立科研机构知识产权管理的具体内容，如规范建制、人员配备、组织建制和管理方法等方面都有所欠缺，亟待提高。
(3)国立科研机构知识产权管理的国际比较与借鉴。美国的国立卫生研究院、德国的马普学会、法国的国家科研中心以及澳大利亚联邦科学与工业研究院的知识产权管理都各有特色，总的来讲，他们都十分注重知识产权管理，注重提升知识产权产出的质量，并努力采取各种措施促进知识产权的应用，以实现国家科技投入的经济效益和社会效益。
(4)我国国立科研机构知识产权管理存在的问题及其成因和解决对策。这一部分分别从科研机构知识产权管理的各个环节，即获取环节、保护环节、应用环节所面临的问题出发，探讨了问题的成因，并提出了完善的途径和方法。
首先，知识产权的获取是知识产权保护和应用的前提。目前，我国国立科研机构知识产权获取环节面临的主要问题是专利质量不高。之所以会出现专利质量问题，一方面是由于我国现行的专利审查制度的不完善，另一方面也是由于科研机构的专利申请策略的局限、科研人员的知识产权意识和专利文献利用水平不高所致。要提高科研机构的专利质量，必须从国家、科研机构和科研人员等层面探寻改进的措施和办法，具体而言，国家层面应当完善专利审查程序和可专利性标准，科研机构应当建立内部专利申请和审查制度，提高专利申请的质量，科研人员在提高知识产权意识的同时，充分利用专利文献信息，以提高发明的先进性，进而提高专利本身的质量。
其次，知识产权保护应当贯穿于知识产权获取、应用的全过程。在论文的第六章，主要是从成本——收益的经济学分析的角度，来考察科研机构知识产权保护过程中所需支付的成本(主要包括专利申请、维持和打击侵权的费用)和侵犯科研机构知识产权的成本，并在此基础上从国家、科研机构层面提出了降低科研机构知识产权保护成本，提高专利侵权成本，以减少科研机构知识产权流失的具体方法和措施。
最后，知识产权的应用是整个知识产权管理的关键环节。目前，影响我国国立科研机构知识产权应用，尤其是专利实施效率的因素主要是国家财政资助科研项目成果归属制度的局限和对科研人员激励机制的不完善。因此，其一，应当借鉴其他国家公共资金资助成果归属制度的可取之处，在具体的制度设计方面，明确在科研项目成果的知识产权中，国家和项目承担单位的权利分界，细化项目承担单位的权利和义务，并具体规定项目管理单位介入权的实施主体、程序、实施方式等内容，以法律的形式确认科研项目成果知识产权管理所涉及的各方利益主体的权利义务关系，从而克服科研项目成果管理主体混乱、效率低下的不足。其二，针对国家层面对科研人员激励机制的不完善，应当统一法律法规和政策中对科研人员奖励的相关规定，并完善其与其他法律制度之间的相互衔接，增强制度的可操作性。同时，在科研机构层面，应当完善内部知识产权激励机制，完善知识产权考核评价指标体系的建设，从而激发其科技创新和知识产权应用的积极性，提高科研机构知识产权管理的能力和效率。