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分子间相互作用的研究对于阐明生物反应的机理，揭示生命现象的本质具有重要意义。其中在药物与蛋白或核酸的相互作用的研究中，毛细管电泳法由于其所具有的高效快速等优点，目前已展现出良好的应用前景。研究结果尤其是结合常数的测定在药物的开发、评价和筛选等方面均具有非常重要的意义。现有毛细管电泳法中多数采用计算分析物和中性标记物的电泳淌度的方法来求算结合常数，计算过程繁琐，涉及到电压、毛细管有效长度和实际长度，电泳淌度等参数，并且有时所得到的结果线性不理想。
本论文在前人和本实验室已有工作基础上，主要围绕着计算方法的优化和理论实验模型的搭建方面做了以下三个方面的工作：
1)首先以色谱法和胶束电动毛细管色谱法理论为基础，将加入到缓冲溶液中的受体与胶束电动毛细管色谱中的“假固定相”，即分离载体相类比，推导了计算结合常数的理论公式，并将该理论模型用于三个经典相互作用体系(万古霉素与二肽、瑞斯西丁素与二肽、碳酸酐酶B与4-羧基苯磺酰胺)的研究，建立了一种简单、有效的测定结合常数的毛细管电泳方法。
2)为了进一步验证该新型计算模型的合理性和正确性，我们选择了研究较为成熟的氟喹诺酮类药物小分子，首先优化了毛细管区带电泳条件，实现多种氟喹诺酮类物质的分离，采用上述亲和毛细管电泳方法研究了此类小分子与血清白蛋白(人血清白蛋白和牛血清白蛋白)的相互作用，并将实验中得到的结果与经典的荧光法所得到的结论进行比对，验证了该方法用于实际相互作用体系研究的可能性。
3)以可卡因与其核酸适体MNS-4.1为实验模型，利用毛细管区带电泳研究二者的电泳行为，采用配体分离法研究二者间的相互作用，并使用两种拟合方法分别求算二者相互作用的结合常数。建立起一种适用于小分子与核酸序列相互作用研究的毛细管电泳方法，以期将其应用于核酸适体筛选平台当中。