黑腹果蝇种组mexl和Ras64B基因的进化与分子系统学研究

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黑腹果蝇种组隶属双翅目果蝇科(Drosophilidae)果蝇属(genus Drosophila)水果果蝇亚属(subgenus Sophophora),是果蝇科中最大的种组,至少包括180余种,按形态特征归为12个种亚组。迄今为止,对于黑腹果蝇种组的系统关系,已经有很多关于形态学、生物地理学和分子生物学方面的研究,然而,由于缺乏足够多的种的系统发育信息,使其分类学和系统发生关系仍存在众多争议。本实验通过直接测定了黑腹果蝇种组中23个种的mexl基因的序列和24个种的Ras64B基因的序列来分析黑腹果蝇种组的系统进化关系。对这两个基因进行统计分析,结果表明它们的编码区都是高度保守的,通过Ks/Ka比值及GCⅢ含量分析都表明这两个基因属于近中性选择的基因。两个基因的外显子都高度保守,而内含子虽然不存在明显的插入或丢失,但种间长度差异较大,这说明相比外显子而言,内含子的进化速率要快。本研究以D.pseudoobscura为外类群,基于mexl基因和Ras64B基因的序列及其的联合序列,分别用邻接法(NJ)、最大似然法(ML)和贝叶斯法(Bayesian)三种方法重建了melanogaster种组的系统进化树,并对其系统发育关系进行分析,利用自引导法(Bootstrap Method)检验其结果的置信度。本实验的结果表明:melanogaster种组聚为两大谱系,ananassae种亚组和montium种亚组形成一大谱系,而melanogaster种亚组和所谓的东亚种亚组suzukii, elegans, ficusphila, eugracilis和takahashii形成独立的一支。而关于melanogaster种亚组和所谓的东亚各种亚组之间的进化关系,三种树的拓扑结构存在一定差异,经AU检验,认为贝叶斯树与物种的真实进化关系更接近。另外,melanogaster复合种中,D.mauritiana和D. sechellia亲缘关系最近,D. melanogaster和D.simulans的亲缘关系最近。
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