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我国已经进行了四次全国海洋功能区划,很多省市也已经制定了两次海洋功能区划,总的来说,我国的海洋功能区划已经比较成熟,能够切实解决海域开发利用的问题,较好的保护海洋生态环境。但是,由于受到“功能”二字的限制,我国的海洋功能区划还是在开发中进行生态保护的一种方式,是经济导向的,而非生态导向的。而基于海洋生态安全的海洋功能区划,就是从生态导向出发,从目标、原则、主体、过程等方面进行优化,优化调整区划分类体系,合理区划海洋灾害区域,完善区划保障体系,使功能区划真正成为一种在保护中开发的区划方式。本文首先对海洋生态安全内涵进行了阐述,海洋生态安全既包括海洋生态系统的安全,同时也包括海洋环境—经济—社会生态系统的安全。海洋生态安全以海洋生态系统稳定为基础,以免受海洋灾害威胁为要求,具有整体性、动态性和滞后性,强调过程安全,包含多元主体参与,注重可持续发展。第二,我国海洋功能区划由20世纪80年代末发展至今,已经比较成熟和完善,包括全国海洋功能区划和省、市、县四级海洋功能区划,但由于其从根本上不是以海洋生态安全为导向的,在实际过程中不可避免的存在一些问题：经济导向而非生态安全导向、单一功能与多重功能的矛盾、区划动态适应性不足、缺少实质性的公众参与、区划过程不完善、对海洋灾害因素考虑不足。第三,基于海洋功能区划现存的问题,要从海洋生态安全视角,对其进行内容和过程上的优化：明确海洋功能区划的根本目标是协调海洋生态保护与经济发展,更加注重生态安全,同时明确海洋生态保护目标、海洋开发利用目标和海域综合整治目标；重新定位海洋功能区划的原则为海洋生态优先原则、协调性原则、兼容性原则、前瞻性原则和公众参与原则;鼓励多元主体参与海洋功能区划,以确保区划的公平与合理；对区划准备与制定阶段、区划实施与执法阶段、区划监测与评估阶段等区划过程进行优化,确保区划全过程符合海洋生态安全的要求。最后,从三个方面提出基于海洋生态安全的海洋功能区划的合理化建议,通过扩大海洋保护区比例和集约优化港口区布局对区划分类体系进行优化调整；将海洋灾害作为功能区划的重要考虑因素,合理区划海岸线蚀退区域和灾害区域；建立健全区划保障体系：完善区划法律体系建设、健全功能区生态补偿机制、推进区划技术支撑体系建设、普及区划生态保护意识。在海洋经济快速发展的大背景下,基于海洋生态安全理念改进现有海洋功能区划的部分问题,能够在最大程度上保护海洋生态系统的健康稳定,促进海洋环境与经济、社会的共同发展。因此,对于海洋功能区划,要在继承现有的基础上进行改良,扬长避短,使其真正朝着海洋生态安全的方向发展。