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本项目以产于广西北海(bh)、海南三亚(sy)、深圳大亚湾(dy)野生合浦珠母贝为亲本,通过自繁和杂交产生子一代(bb<,i>,ss<,i>,dd<,i>,bs<,i>,bd<,i>,ds<,i>),其目的是通过群体选育的方式,逐步选育出具有优良性状的合浦珠母贝品系以提高珍珠的质量和产量。在选育目标上,主要以生长速度、壳宽指数和壳重指数等为主要指标。本研究对自繁和杂交一代形态学的八个指标进行了比较分析,同时对子代和亲本的核dna做了issr分子标记,结果表明:(一)在形态与生长指标方面:(1)壳高:6个子一代群体,平均壳高为47.0～49.2MM,其中种群内自繁组的平均壳高为47.0～48.9MM;种群间杂交组的平均壳高为48.0～49.2MM。6个种群的平均壳高大小顺序依次为:bs<,i>(49.2)>dd<,i>(48.9)=ds<,i>(48.9)>bb<,i>(48.6)>bd<,i>(48.0)>ss<,i>(47.0)。方差分析和多重比较分析表明:在自繁种群内dd<,i>和bb<,i>的壳高对ss<,i>的差异显著(p<0.05):杂交一代种群内壳高在三个杂交组之间没有差异;自繁群体和杂交群体比较bs<,i>,ds<,i>壳高对ss<,i>的差异极显著(p<0.01),但对dd<,i>和bb<,i>的差异不显著。
(2)壳长:6组子一代群体,平均壳长为42.6～44.0MM,其中种群内自繁组的平均壳长为42.6～44.0MM,种群间杂交组的平均壳长为43.1～43.9MM。6组群体平均壳长大小顺序依次为dd<,i>(44.0)>ds<,i>(43.9)=bs<,i>(43.9)>bb<,i>(43.7)>bd<,i>(43.1)>ss<,i>(42.6)方差分析表明合浦珠母贝不同地理种群内自繁和种群间杂交子一代各群体的壳长的差异无显著性。
(3)壳宽:6组子一代群体,平均壳宽为19.9～20.7MM,6组群体的平均壳宽大小顺序为:bd<,i>(20.7)>bb<,i>(20.5)>dd<,i>(20.3)>bs<,i>(20.2)>ss<,i>(19.9)=ds<,i>(19.9),方差分析和多重比较表明:自繁种群内bb<,i>壳宽对ss<,i>差异显著(p<0.05);杂交种群内bd<,i>壳宽对ds<,i>。差异显著(p<0.01):杂交群体与自繁群体比较bd<,i>壳宽对ss<,i>差异显著,但对bb<,i>差异不显著。
(4)总体重:六组子一代群体,自繁组平均总体重为13.79～14.54G,种群间杂交组子一代的平均总体重为14.00～15.45G。六群体平均总体重大小顺序为bs<,i>(15.45)>bb<,i>(14.54)>dd<,i>(14.47)>ds<,i>(14.35)>bd<,i>(14.00)>ss<,i>(13.79),方差分析和多重比较表明：自繁种群内三个群体无显著性差异；杂交群体内BS<,1>的总体重对DS<,1>和BD<,1>差异显著(P总体重对SS<,1>差异显著(P<0.05)，对BB<,1>和DD<,1>差异不显著。 (5)壳重：6组子—代群体，自繁组平均壳重为6.98～7.53g，种群间杂交组子一代的平均壳重为7.26～7.79g，六个子一代群体的平均壳重大小顺序为：BS<,1>(7.79)>BB<,1>(7.53)>DD<,1>(7.49)>DS<,1>(7.45)>BD<,1>(7.26)>SS<,1>(6.98)，方差分析和多重比较表明：在自繁组内BB<,1>壳重对SS<,1>差异显著(P的壳重对BD<,1>差异极显著(P<0.01)；杂交群体和自繁群体比较BS<,1>的壳重对SS<,1>差异极显著(P<0.01)，对BB<,1>和DD<,1>差异不显著。
(6)壳重量指数：自繁组平均壳重量系数为17.15～17.40，杂交组平均壳重量系数为16.87～17.78，六群体的壳重量系数大小顺序为BS<,1>(17.78)>SS<,1>(17.40)>SD<,1>(17.32)>BB<,1>(17.18)>DD<,1>(17.15)>BD<,1>(16.87)，方差分析和多重比较显示：自繁种群内三群体壳晕量系数差异不显著；杂交群体内BS<,1>的壳重量指数对BD<,1>的差异有极显著(P<0.01)；自繁群体和杂交群体比较BS<,1>对DD<,1>和BB<,1>的差异有显著性(P<0.05)。
(7)肥满度指数：自繁组平均肥满度系数为12.26～12.74，杂交组平均肥满度系为11.57～13.45，六个群体的肥满度系数大小顺序为BS<,1>(13.45)>SS<,1>(12.74)>BB<,1>(12.61)>DD<,1>(12.26)>SD<,1>(12.11)>BD<,1>(11.57)，方差分析和多重比较显示：自繁种群内三群体肥满度系数差异不显著；杂交群体内BS<,1>肥满度指数对SD<,1>和BD<,1>差异显著；自繁群体和杂交群体比较BS<,1>的肥满度指数对三个自繁子一代群体差异极显著(P、BB<,1>、DD<,1>的肥满度指数对BD<,1>差异显著(P<0.05)，SS<,1>对SD<,1>差异显著(P<0.05)。
(8)壳宽系数：自繁组平均壳宽系数为0.1795～0.1821，杂交组平均壳宽系数为O.1754～0.1851。六群体的壳宽系数大小顺序为BD<,1>(0.1851)>SS<,1>(O.1821)>BB<,1>(O.1819)>DD<,1>(0.1795)>BS,(0.1790)>DS<,1>(0.1754)，方差分析和多重比较显示：自繁种群内三群体壳宽系数差异不显著；杂交群体内BD<,1>壳宽系数对DS<,1>和BS<,1>差异显著(P<0.05)；自繁群体和杂交群体比较BD<,1>的壳宽系数对自繁三子一代群体差异显著(P<0.05)，SS<,1>和BB<,1>对DS<,1>差异显著(P<0.05)。
综合这几个指标可以得出：自繁种群内BB<,1>比其它两群体具有优势；杂交组内BS<,1>最具有选育价值：杂交组和自繁组比较BS<,1>比BB<,1>更有选育价值，而SS<,1>的选育价值最低。
(二)ISSR分子标记：
在筛选的100个引物中,48个呈阳性反应，至少10种引物的扩增带表现丰富、稳定
的多态性。本实验用10个随机引物共扩出9780条可清晰辨认的带，平均每个引物扩增4.8条带。分析表明在亲本和其自繁与杂交子代的遗传多样性指数为：0.2504～0.2784，它们的火小顺序为：DS<,1>(0.2784)>BS<,1>(0.2747)>BD<,1>(0.2659)>DY(0.2607)>BH(0.2585)>SY(0.2571)>SS<,1>(0.2545)>DD<,1>(0.2527)>BB<,1>(0.2504)。方差分析表明子一代各群体的遗传多样性指数没有显著性差异。各种群的多态位点比例为：91.49％～97.87％，亲本及其自繁和杂交一代多态位点比例大小顺序为：DS<,1>(97.87％)>SY(95.83％)=DY(95.83％)=BH(95.83％)>DD.(95.74％)=SS<,1>(95.74％)>BD<,1>(95.74％)>BB<,1>(93.62％)>BS<,1>(91.49％)。亲本间遗传距离为0.3860～0.3929，北部湾和大亚湾野生种群遗传距离(0.3929)与北部湾和三亚种群遗传距离(0.3925)几乎乎相等，三亚和大亚湾种群距离最小(0.3835)。分别分析北部湾和三亚、北部湾与大亚湾、大亚湾和三亚两地理种群自繁一代群体和杂交一代群体的遗传距离大小，得出每两个种群的自繁一代之间的距离都小于它们与其杂交一代的距离，既自繁后代之间比它们与杂交后代的相似性系数更大，从而亦说明杂交增加了基因的杂合度。