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琼东南盆地位于南海北部大陆边缘，生物礁储层是深水油气勘探的主要目标。本文利用琼东南盆地二维、三维资料和邻区的井资料，对琼东南盆地中新世发育的生物礁(复合体)进行了研究。在层序格架内识别出堡礁、塔礁、点礁和台地边缘礁四种类型，礁复合体包括礁核相、礁顶相、礁坪相、礁前斜坡相和礁后泻湖等相带。中中新世是本区主要成礁期，礁体规模最大，分布最广。生物礁的发育受构造作用、海平面变化及古地理环境控制。研究区生物礁的储集性能主要由原生孔隙和次生孔隙控制。礁前和礁核的原生孔隙发育。礁体在成礁时期经过自生矿物胶结、重结晶、淡水淋滤溶蚀和白云岩化等成岩作用的后期改造，原生孔隙往往难以保存，生成大量次生孔隙-真正有效的储集空间。综上分析，中中新统-上中新统是最有利的礁储层发育带。研究区的礁储层配套发育较好的盖层、圈闭、运移和后期保存等条件，具有广阔的前景。