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低氧诱导因子-1（Hypoxia-inducible factor-1,HIF-1）是低氧状态下产生的一种DNA结合蛋白,与低氧反应元件（HRE）结合,诱导糖酵解代谢关键酶等转录增加,使机体适应低氧环境。目前关于HIF-1α基因的研究主要集中在人类的疾病、适应高原环境以及低氧训练效果等方面,尚未有人将此基因的功能扩展应用到受糖酵解影响的肉质中。研究HIF-1α基因与肉质的关联性,可为进一步认识HIF-1а基因的功能,为肉质选育开展分子标记辅助选择提供理论依据。随机选择209头杜×长×大三元商品杂交猪屠宰,常规方法测定滴水损失、pH值、肉色、大理石花纹、剪切力、肌内脂肪含量等指标。运用Bioedit、BLAST、ProtParam、NetPhos2.0 Server等软件和在线工具,对包括猪物种在内的10个物种HIF-1α基因12外显子进行生物信息学分析;采用PCR-SSCP技术筛选猪HIF-1α基因SNPs,一般线性模型分析突变位点基因型与猪肉质性状的关系,并对测定的性状进行相关分析;运用qRT-PCR方法检测该基因在前、后腿和背最长肌的表达丰度,使用方差分析和相关分析法分析相对表达量与肉质的关系。结果显示,HIF-1α基因12外显子425bp的序列在10个物种中筛查到130个多态位点,猪的平均核苷酸差异数目最大。猪的G1927A位点突变,导致丙氨酸变为苏氨酸,经软件预测突变产生的苏氨酸有可能成为一个新的磷酸化位点。在该基因部分序列中筛选出3个突变位点,各位点等位基因频率均符合Hardy-Weinberg平衡。A543T位点多态对肉质性状没有显著性影响（P>0.05）,G1141T位点突变为隐性突变,突变型剪切力显著低于野生型（P<0.05）,1927位点突变为G-A碱基转换,其杂合型pH1值显著低于野生型,而肌内脂肪含量显著高于野生型。该基因的三个位点在对剪切力、pH值及肌内脂肪含量的影响上存在互作。且性状间存在一定的相关。RT-PCR结果显示HIF-1а基因在前腿肉、背最长肌和后腿肉中均有表达,但相对表达量差异不显著,后腿肉中的相对表达量与IMF呈弱正相关。结果表明,猪物种中HIF-1a基因存在遗传多样性,HIF-1a基因的多态位点与猪肉pH1值、嫩度和肌内脂肪含量性状相关联。1141位点T等位基因的存在可以降低猪肉的剪切力,1927位点的A等位基因可以降低pH1值,增加肌内脂肪含量。三个突变位点在调控肉质的品质时存在互作。该基因在不同肌肉组织中均有表达,从转录水平进一步说明该基因对肌内脂肪含量存在作用。