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云南巧家药山(以下简称巧家药山)位于云南省东北部，总面积202.25km2，包括药山片区和杨家湾片区。地处27°08′54″～27°25′31″N，102°57′47″～103°10′13″E之间。该地区海拔517～4041.6m，主体海拔2400～4041.6m，占总面积的94.6％。庞大的山体和中国-日本植物亚区与中国-喜马拉雅亚区交汇点的区系位置，为该地区种子植物的保存与交流提供了充分的条件。然而，对于本地植物区系却鲜有研究。
通过野外调查、室内标本鉴定和文献的查阅，形成巧家药山种子植物名录。初步统计显示，巧家药山有种子植物180科809属2366种(含种下单位)。结合APG系统和相关植物类群系统发育和生物地理学的研究进展，本文从科、属、种三个方面对该地种子植物区系进行统计和分析，结论如下：
1.通过对种子植物科、属、种三个层次地理成分的比较分析表明，巧家药山种子植物区系的地理成分复杂，联系广泛；本地区种子植物区系性质具有明显的温带性，并深受热带植物区系的影响。与热带区系的联系主要以泛热带和热带亚洲为主；与温带区系的联系主要以北温带和东亚成分(包括中国特有成分)为主，区系具有明显的古老性。
2.巧家药山种子植物区系的特有现象明显，从科、属、种等不同等级，以及东亚、中国、云南高原地区、药山等不同的地理尺度均有代表。
3.巧家药山种子植物区系与邻近地区具有明显的间断现象。而这种现象可以表现在不同的尺度上，其中与滇西北的间断分布尤其显著，值得进一步的深入研究。
4.通过巧家药山种子植物区系的综合分析以及与邻近地区区系相似性的比较得知，巧家药山植物区系在植物区系划分中的地位是：东亚植物区，中国—喜马拉雅植物亚区，云南高原地区。
5.巧家药山种子植物区系具有较为明显的水平和垂直替代现象。主要表现为一些属内的姐妹种或近缘种的替代。
6.巧家药山的现代种子植物区系主要是由热带亚洲成分、北温带和东亚成分在漫长的地质历史过程中融合发展而来的。