肠致病性大肠杆菌基因芯片检测方法的研究

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传统的抗原抗体反应来检测肠致病性大肠杆菌(EPEC)是一种很重要的微生物检测方法,可用于流行病学调查。但是,用抗血清分型的过程过于复杂,因此仅限于少数参考实验室使用。   为了改善这种状况,我们发明了一种基于生物芯片技术的基因水平上的检测方法。用于检测O-抗原血清型的靶基因为编码O-抗原聚合酶的基因(wzy),用于检测H-抗原血清型的靶基因为编码鞭毛蛋白亚单位的基因(filC)。   从生物信息学分析和探针设计做起,我们研发了一种用于检测肠致病性大肠杆菌血清型的基因芯片:首先用一种快速、有效的方法提取DNA,再用多重PCR方法扩增靶基因,扩增同时进行Cy3标记,最后分析杂交结果。该芯片包含用于检测16种不同的O-抗原血清型(O18,O20,O26,O44,O55,O86,O111,O112ac,O114,O119,O125,O126,O127,O128,O142,O158)的探针和15种不同的H-抗原血清型(H2,H6,H7,H8,H9,H11,H16,H18,H19,H21,H25,H28,H34,H40,H49)的探针。   用检测范围内血清型的菌种和近缘菌株对该芯片进行性能评价,结果证实它有很高的灵敏性和特异性,16种O血清型和15种H血清型均能被准确检测出。该基因芯片检测技术被证实为传统血清分型的良好替代方法,并可以在一天内得到样品检测结果。
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