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第一部分LAMP2基因c.974delT突变导致Danon病
背景：心血管疾病是一类具有高度遗传和表型异质性的常见疾病。部分类型心血管疾病的临床症状累及多系统，与其他类型疾病表型存在重叠，导致常规的病理生理检测无法准确区分，从而给疾病的诊断和后续的治疗带来巨大的挑战。Danon病是一种罕见的X染色体连锁显性遗传性心肌病，症状涉及全身多系统，以肥厚性心肌病、骨骼肌病和智力障碍三联征为经典临床表现。下一代测序技术(NGS)在分子诊断、致病基因的检测以及疾病-基因相关性研究等领域已经成为一种可靠的分析手段，利用该技术能够确定疾病与遗传因素之间的关系，为疾病的诊断、治疗、预防等提供科学依据。LAMP2基因是目前唯一报道的与Danon病相关的基因，因此将对该基因的检测作为诊断的金标准，并辅以其他临床病理生理检测，实现对Danon病的准确鉴定。
目的：本研究中我们获得了一个具有心脏病家族史的家系，通过各种生理病理检测技术以及全外显子组测序(WES)对该家系女性先证者和先证者亲属进行了分析，为该家系疾病的诊断以及后续的遗传咨询等提供依据。
方法：对先证者和其患病弟弟进行了各项病理生理检测，并取外周血样进行全外显子组测序，按照一定的筛选策略，确定候选致病变异。利用Sanger测序技术检测家系其他成员携带候选致病变异的情况来进行验证。
结果：通过病理生理检测结果初步诊断先证者及其患病弟弟患有多微小轴空病，然而通过全外显子组测序和Sanger测序，发现先证者和其患病弟弟均携带一个LAMP2移码变异c.974delT(p.Leu325Argfs*21)，导致Danon病。
讨论：本研究通过基因检测和临床病理生理检测确诊病人患有Danon病，并报道了第一例LAMP2基因c.974delT变异导致Danon病的病例。全外显子组测序等技术结合临床病理生理检测能够对受检者进行准确的诊断，以便后续的治疗以及遗传咨询等。
第二部分Trio测序数据分析流程的构建
随着测序技术的持续进步和测序成本的不断下降，下一代测序技术(NGS)在生命科学各个领域内广泛应用，包括基因组、转录组、表观组等，使得我们获得了海量的数据，并推动生命科学快速迈入多组学时代。在遗传疾病领域，全基因组测序(WGS)/全外显子组测序(WES)等技术能够揭示个体基因组中存在的变异，研究基因与表型之间的关系，从而确定致病原因，为后续的治疗、预防、遗传咨询等提供科学依据。相较于同一家系中出现多个患病个体的家族性疾病，大部分人类遗传疾病呈现出散发性，即无家族病史的单个分散病例。对于散发性病例，仅对先证者测序所获得的信息较少，从而给致病变异的鉴定等带来困扰。因此，对先证者及其正常表型的父母(trio)同时进行测序被越来越多地应用到散发病例的研究中。本研究整合常用分析工具，对trio测序数据中隐性遗传致病变异、新发突变、杂合缺失以及单亲二倍体等变异和缺陷进行全面检测。尤其是对单亲二倍体，通过连接软件预测位点进一步筛选，实现更准确的区域定位，并有效降低检测的假阳性。利用该分析流程，能够有效提升疾病的诊断率。
背景：心血管疾病是一类具有高度遗传和表型异质性的常见疾病。部分类型心血管疾病的临床症状累及多系统，与其他类型疾病表型存在重叠，导致常规的病理生理检测无法准确区分，从而给疾病的诊断和后续的治疗带来巨大的挑战。Danon病是一种罕见的X染色体连锁显性遗传性心肌病，症状涉及全身多系统，以肥厚性心肌病、骨骼肌病和智力障碍三联征为经典临床表现。下一代测序技术(NGS)在分子诊断、致病基因的检测以及疾病-基因相关性研究等领域已经成为一种可靠的分析手段，利用该技术能够确定疾病与遗传因素之间的关系，为疾病的诊断、治疗、预防等提供科学依据。LAMP2基因是目前唯一报道的与Danon病相关的基因，因此将对该基因的检测作为诊断的金标准，并辅以其他临床病理生理检测，实现对Danon病的准确鉴定。
目的：本研究中我们获得了一个具有心脏病家族史的家系，通过各种生理病理检测技术以及全外显子组测序(WES)对该家系女性先证者和先证者亲属进行了分析，为该家系疾病的诊断以及后续的遗传咨询等提供依据。
方法：对先证者和其患病弟弟进行了各项病理生理检测，并取外周血样进行全外显子组测序，按照一定的筛选策略，确定候选致病变异。利用Sanger测序技术检测家系其他成员携带候选致病变异的情况来进行验证。
结果：通过病理生理检测结果初步诊断先证者及其患病弟弟患有多微小轴空病，然而通过全外显子组测序和Sanger测序，发现先证者和其患病弟弟均携带一个LAMP2移码变异c.974delT(p.Leu325Argfs*21)，导致Danon病。
讨论：本研究通过基因检测和临床病理生理检测确诊病人患有Danon病，并报道了第一例LAMP2基因c.974delT变异导致Danon病的病例。全外显子组测序等技术结合临床病理生理检测能够对受检者进行准确的诊断，以便后续的治疗以及遗传咨询等。
第二部分Trio测序数据分析流程的构建
随着测序技术的持续进步和测序成本的不断下降，下一代测序技术(NGS)在生命科学各个领域内广泛应用，包括基因组、转录组、表观组等，使得我们获得了海量的数据，并推动生命科学快速迈入多组学时代。在遗传疾病领域，全基因组测序(WGS)/全外显子组测序(WES)等技术能够揭示个体基因组中存在的变异，研究基因与表型之间的关系，从而确定致病原因，为后续的治疗、预防、遗传咨询等提供科学依据。相较于同一家系中出现多个患病个体的家族性疾病，大部分人类遗传疾病呈现出散发性，即无家族病史的单个分散病例。对于散发性病例，仅对先证者测序所获得的信息较少，从而给致病变异的鉴定等带来困扰。因此，对先证者及其正常表型的父母(trio)同时进行测序被越来越多地应用到散发病例的研究中。本研究整合常用分析工具，对trio测序数据中隐性遗传致病变异、新发突变、杂合缺失以及单亲二倍体等变异和缺陷进行全面检测。尤其是对单亲二倍体，通过连接软件预测位点进一步筛选，实现更准确的区域定位，并有效降低检测的假阳性。利用该分析流程，能够有效提升疾病的诊断率。