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本研究是在形态学观察的基础上，利用了重复序列间区DNA标记和随机扩增多态性DNA标记等技术，研究了侧耳属的22个菌株和一株双孢蘑菇菌株的系统发育关系。实验的结果可以归纳为以下三个方面：1菌丝体和子实体形态特征的观察结果表明：双孢蘑菇与侧耳属菌株形态特征明显不同，分别位于不同的属。鲍鱼菇与侧耳属其他菌株形态特征区别较大，单独构成一种。16号秀珍菇和凤尾菇形态特征十分相似，两者应为一个种。而其它菌株与糙皮侧耳、佛罗里达侧耳近似。
2.供试菌株RAPD标记的研究结果：使用S系列随机引物筛选后的的7条引物S22、S23、S30、S61、S62、S78、S79对供试菌株的基因组DNA进行PCR扩增，共获得478条带。聚类分析结果显示：在0.71水平上将侧耳属菌株分八组，第Ⅰ组：1号、2号、3号糙皮侧耳、栎侧耳、13号和14号佛罗里达侧耳、台湾秀珍菇；第Ⅱ组：15号秀珍菇、日本秀珍菇、美味侧耳；第Ⅲ组：平802；第Ⅳ组：阿魏蘑、白阿魏蘑、杂交阿魏蘑；第Ⅴ组：黄白侧耳、小白平菇、华平97；第Ⅵ组：凤尾菇、16号秀珍菇；第Ⅶ组：平科大杂优、平8804；第Ⅷ组：鲍鱼菇。
3.供试菌株ISSR标记的研究结果：ISSR引物在23个菌株上扩增共得到120条带。由相似系数聚类结果可以在0.71水平将侧耳属菌株分为四组：4号阿魏蘑，5号白阿魏蘑，6号杂交阿魏蘑位于第Ⅱ组；凤尾菇，16号秀珍菇位于第Ⅲ组；鲍鱼菇位于第Ⅳ组；其他供试菌株位于第Ⅰ组。同时利用引物P1对日本秀珍菇扩增，得到了一条约1.3Kb片断，经克隆和测序分析，验证了重复序列(TATG)n的存在。
基于侧耳属菌株的形态特征、ISSR和RAPD标记的结果，分析后我们可以得到以下结论：1鲍鱼菇单独作为一个种，与其他侧耳属的种遗传距离较远。
21号和3号糙皮侧耳间、13和14号佛罗里达侧耳间几乎无差异，而且它们的关系很近，由此认为四者是同种而冠以不同名称的菌株。
3凤尾菇和16号秀珍菇无论是形态特征还是分子分类结果都显示很近的亲缘关系，所以认为两者是一个种的不同名称。
4形态特征相似的一些菌株，例如阿魏蘑、白阿魏蘑和杂交阿魏蘑使用分子标记证明它们是一个种的不同名称；15秀珍菇、日本秀珍菇、台湾秀珍菇和美味侧耳之间，亲缘关系较近，有可能前三者是美味侧耳的栽培菌株。