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根据国外己发表的GPV B株和MPV FM株基因组核苷酸序列设计了四对引物，分别对国内四株鹅细小病毒分离株和两株番鸭细小病毒分离株的非结构蛋白（NS）基因和主要结构蛋白（VP2- VP3）基因进行PCR扩增，并进行几种内切酶的酶切分析比较，证实两种病毒NS基因和VP2-VP3基因具有较高同源性，但酶切位点有较大差异：GPV NS基因缺乏Sac I位点，存在Pst I位点；而MPV的NS基因则含有Sac I位点，却无Pst I位点。另外发现，与国外毒株和GPV CC株不同，GPV FS、GPV JL株均含有EcoR I位点。GPV VP2-VP3基因含有B_gⅠⅡ、Dra Ⅰ位点，而无Xba Ⅰ位点；MPV VP2-VP3基因则与之相反。因此可以通过对两段基因内切酶酶切分析结果的差异，将两种病毒进行鉴别区分。 将GPV CC株、GPV FS株和MPV YZ株和MPV FS株的ns基因和VP2-VP3基因分别克隆到pCR3．1 T载体，并进行核苷酸序列分析比较。结果表明：GPV CC株、GPV FS株、MPV YZ株和MPV FS株的NS基因均含有1884个核苷酸，编码628个氨基酸。GPV和MPV同一种病毒不同毒株之间NS基因核苷酸和氨基酸序列同源性在92．7％～99．3％和96．5％～99．4％之间；而GPV和 MPV两种病毒之间的核苷酸和氨基酸序列同源性则为79．6％～83．0％和86．9％～90．7％；其中GPV FS株的变异较大，变异主要区域在460～480位氨基酸。 GPV CC株、GPV FS株、MPV YZ株和MPV FS株的VP2-VP3基因核苷酸数为1764，编码528个氨基酸。同一病毒的不同毒株之间VP甚-VP3基因核苷酸序列和氨基酸序列同源性分别为93％～99．5％和96．3％～98．6％，但GPV FS弱毒株与GPV CC株和国外参考毒株GPV B株之间核苷酸序列以及氨基酸序列差异较大：GPV和MPV两种病毒之间核苷酸和氨基酸序列同源性则分别为78．3％～80．6％和84．8％～87．6％，并且两种病毒之间在氨基酸序列一些区域存在较大差异。GPV和MPV VP2-VP3基因核苷酸和氨基酸序列的差异可能与这两种病毒毒力、抗原性可能有一定的关系。 为进一步探讨GPV和MPV主要结构蛋白的特性与功能。分别将GPV和MPV VP2-VP3基因插入到原核表达质粒pET－28a的多克隆位点上，构建了表达两种病毒VP2-VP3基因的原核表达载体pEGVP1和pPEMVP。将它们分别转化到宿主表达菌BL21中，经IPTG诱导，SDS-PAGE电泳可见表 且 且 中文须县一达产物的分子量均约为 75kDa和 60kDa；Western blot检测表达产物与相应抗体具有一定的反应原性。另将这两种病毒的W－VP3基因分别克隆到核酸疫苗质粒PIRESI neo载体上，构建了核酸疫苗重组质粒PIGVPI和PIMVP，重组质粒转染到鹅胚成纤维细胞和番鸭胚成纤维细胞上，经Western blot检测证明，GPV和 MPV VPZ－VP3均获得表达并具有良好的反应原性。