论文部分内容阅读
本试验根据GenBank上已发表的牛(X99691)、猪(AJ251837)和马(AF288358)的Agouti基因序列设计引物,扩增山羊Agouti基因内含子Ⅰ至外显子Ⅳ序列片断,测序拼接结果表明该片断长度为5275bp,部分内含子Ⅲ和外显子Ⅳ序列已提交到GenBank,序列号为DQ058664,相应氨基酸序列号为AAY85690。 测序拼接结果发现山羊Agouti基因序列上存在13个点突变,其中内含子Ⅲ有12个,外显子Ⅳ有1个。依据所测序列拼接结果(内含子Ⅰ至外显子Ⅳ5275bp)来命名这些突变位点,分别为A1796C,C1802G,C4283T,G4306T,A4312C,A4391T,A4417T,A4483C,C4578G,A4815T,C4888T,A4900G和G5256T,其中G5256T突变引起蛋白质氨基酸序列的改变,第128位缬氨酸变成甘氨酸(V→G)。 对于山羊Agouti基因C4888T位点,大部分地方山羊品种C等位基因频率和T等位基因频率分布大体一致,结果表明,藏山羊、川东白山羊、陕南白山羊这三个品种的遗传多样性在该位点上较为相近,隆林山羊和雷州山羊的遗传多样性在该位点上较为相近。太行山羊C等位基因的基因频率为0.8030,是各品种中C等位基因频率最高的。基因型差异显著性检验表明,太行山羊与大多数山羊品种在该位点基因型频率存在显著或极显著差异,说明太行山羊在C4888T的遗传多样性和其他山羊品种存在显著不同。 在山羊Agouti基因G5256T位点,除川东白山羊外,T基因在其余品种中均为优势等位基因,结果表明,川东白山羊和马头山羊在该位点的遗传多样性与其他山羊品种之间存在较大差异,贵州白山羊、宜昌白山羊、隆林山羊、贵州黑山羊在该位点上遗传多样性相似。从多态信息含量上可以看出,南方山羊品种遗传多态性显著高于北方山羊品种。 聚类结果表明,16个地方山羊品种可以大致分为三类,第一类为,马头山羊、川东白山羊、隆林山羊、宜昌白山羊、贵州黑山羊、贵州白山羊、承德无角山羊、内蒙绒山羊;第二类为,太行山羊、陕南白山羊、辽宁绒山羊、藏山羊、雷州羊、济宁青山羊、都安羊;南江黄羊为培育品种单独聚为一类。 山羊Agouti基因序列与牛、猪和马的序列相似性分别为92%、65%、59%,同时发现山羊Agouti基因序列第1842位到第1977位的序列为插入序列,其片断长度为136bp,该片段是山羊所特有的。 通过对8个不同物种Agouti基因外显子序列进行序列聚类分析,结果表明,山羊和牛Agouti基因相似程度最高,然后依次是猪、狗、猫、红狐、人和鼠。在动物分类学上,山羊属于牛科山羊属,本试验所得结果和山羊在动物分类学上的地位一致。