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近年来，由于全国科研人员对基础研究的热情不断增加，各省市基金项目申请书的增长率总体呈现出快于经费的增长态势。加之我国基础研究起步较晚，科研积累少，基金经费虽有一定的增长，与广大科研人员的需求相比，经费仍很有限。因此，对自然科学基金进行绩效评价具有重大意义。科学合理的绩效评价不仅能对科研成果的学术价值给予客观公正的评价，同时还会对研究方向的选择和资源配置提供经验、参考和借鉴。 目的： 本文以中国医科大学2001～2010年国家自然科学基金结题项目为基础，利用数据包络分析(Data Envelopment Analysis，简称DEA)法对结题项目进行学科间有效性评价。分析DEA法在科学基金绩效评价中的可行性，并通过对各学科的相对有效性评价发现科研效率较高的学科，以发挥其带头激励作用，为科研管理工作提供有效干预措施，促进有限资源的合理分配。 方法： 通过对中国医科大学2001～2010年国家自然科学基金资助项目申请书和结题报告的数据进行整理以及专家咨询法，确定科研项目投入指标为投入资金和投入人力（总人数、正高级人数、副高级人数、中级人数），产出指标为人才培养（博士后、博士、硕士）、论文发表(JCR-Q1、JCR-Q2、JCR-Q3、JCR-Q4、非SCI)、会议交流（国际会议、国内会议）、会议报告（国际报告、国内报告）、获奖（国家级一等奖、国家级二等奖、省部级一等奖、省部级二等奖）。同时对照学校研究生院招生专业目录及导师系统，对结题项目进行学科分类，进而进行数据汇总。 本研究在专家调查表的基础上，运用层次分析法(Analytic HierarchyProcess，简称AHP），对各指标进行权重设置。利用DEA法对各学科进行相对有效性评价，进行技术有效性及规模有效性分析，同时对无效单元提出改进措施。并利用TOPSIS（Technique for Order Preference by Similarity to an IdealSolution，逼近理想解的排序）法再次对科学基金进行绩效评价与排序，与DEA分析结果进行相关性分析，验证DEA法在科学基金绩效评价应用中的有效性。 结果： 本研究分别采用数据包络分析法和TOPSIS法，对中国医科大学2001～2010年国家自然科学基金结题项目进行了投入产出分析，并对两种方法的分析结果进行了相关性比较，具体结果如下: 1、采用数据包络分析法的分析结果，其中DEA有效学科24个，分别为:U3、U5、 U6、 U7、U8、U9、U11、 U12、U14、U15、 U18、U19、U21、U23、U26、U27、U29、U32、U33、U34、U37、U38、U39、U41。非DEA有效学科18个，分别为:U1、U2、U4、U10、U13、U16、U17、 U20、U22、U24、U25、U28、U30、U31、U35、U36、U40、U42。 2、采用TOPSIS法的分析结果，对42个学科进行排序，结果为:U26、U41、U15、 U12、U14、U9、U22、U6、U7、 U39、U42、 U34、U35、 U31、U23、U21、U16、U19、U29、U5、 U4、 U20、U8、U38、U27、U2、U32、U3、 U33、U18、U17、U37、U13、U1、U11、U28、U24、U36、U25、 U40、U30、U10。 3、应用SPSS软件计算数据包络分析法与TOPSIS法评价结果的相关性，R=0.467(P=0.001)，二者比较相关。 结论： 本研究通过运用数据包络分析法对中国医科大学2001～2010年国家自然科学基金项目的投入产出效率进行分析，找出了我校的DEA有效学科及非DEA有效学科，并且对有效学科的稳健性及无效学科的产出不足情况进行了深入分析，为日后我校科研管理工作的改进方向提供了科学依据;同时利用TOPSIS法对DEA的评价结果进行检验，进一步验证了数据包络分析法在基金项目评价中的可应用性。