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选择信号(Selection Signatures)是生物在人工选择过程中,由于选择作用在基因组上留下的选择印迹,通常情况下表现为染色体长范围的连锁不平衡或者遗传多态性的降低。随着高密度全基因组SNP芯片的推出,使得在基因组范围内追踪选择印迹成为可能。本研究基于苏尼特羊、德国肉用美利奴羊和杜泊羊三个群体的Illumina Ovine SNP50芯片分型数据,借助群体分化指数FST法进行群体间选择信号的检测分析,应用生物信息学方法,分析寻找选择信号区域内的重要基因。实验羊群包括苏尼特羊(n=66)、德国肉用美利奴羊(n=159)和杜泊羊(n=93)三个品种共318个个体。利用绵羊50K全基因组SNP芯片进行基因型测定,用Plink软件进行基因型质量控制,标准为：样本检出率(Call Rate)大于0.9,SNP检出率大于0.9,平均最小等位基因频率(Minor allele Frenquency)大于0.03。在常染色体的选择信号检测中,共找到343个“离群”位点,以核心SNP上下游各50kb区间为选择信号作用区域,通过基因注释找到这些位点对应的365个候选基因。其中部分基因与绵羊生长、繁殖及肉质性状相关,如IGF2BP3、IGF1R、BMP2、BMPR1B、CAPN3等。通过GO富集分析发现,这些基因主要富集于去甲基化、新陈代谢等条目。同时,还针对母羊个体对X染色体进行选择信号检测,通过尽71值的计算,选取所有位点中群体遗传分化指数FST值最大的5%的位点进行群体间选择信号的检测,共61个。以核心SNP上下游各100kb为选择信号作用区域,通过基因注释找到这些位点对应的98个基因。其中部分基因与繁殖、脂肪等性状相关,如BOCR、ACSL4、 MAOA和MAOB等,还检测到一系列与X-连锁疾病有关的基因,这些基因部分在绵羊中尚未报道,可作为研究绵羊相关性状的候选基因。