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本文共分五章： 第一章：介绍了毛细管电泳的基础理论，近年来在分离优化以及在中药分离方面的应用。 第二章：根据基本电泳理论和二元酸的离解平衡，推倒出了缓冲溶液的不同pH值与组分有效淌度之间的关系式。从这一关系式出发，利用线性校正法和非线性校正法，分别测定了5种蒽醌类化合物的pKa1和pKa2值。此外，在添加有机改性剂的情况下，考察了5种蒽醌类化合物的pKa值随有机改性剂的浓度变化情况。 第三章：建立了分析和分离中药天麻及其制剂中5种有效成分—天麻素、对羟基苯甲醇、香草醇、香草醛、对羟基苯甲醛—的毛细管区带电泳方法。分离的最佳缓冲溶液条件为24mmol/L的磷酸盐+8％乙醇（pH=9.6），在该分离条件下，五种成份可达基线分离，定量分析可在15分钟之内完成。除此之外，还考察了其他操作参数，例如有机改性剂的浓度，背景电解质的浓度对分离的影响。 第四章：建立了中药补骨脂中的有效成分补骨脂素和异补骨脂素异构体的胶束毛细管电泳（MEKC）分析方法。缓冲体系包括磷酸盐、硼酸盐和SDS（pH=9.2）。通过优化分离参数，例如，SDS浓度、pH值、操作电压、背景电解质的相对浓度等，这两种异构体可以达基线分离。定量分析的线性方程为：补骨脂素，y=0.285+15.4x，r=0.995；异补骨脂素，y=0.561+17.2x，r=0.998。 第五章：建立了非水相毛细管电泳分离蒽醌类化合物的实验方法。以乙腈作为操作介质，以30mmol/L四丁基溴化铵作为背景电解质。在非水相介质下，三种蒽醌类化合物能在6分钟内达到分离。每种组分的迁移时间重现性小于0.35％；峰高重现性小于5.38％。