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本研究利用微卫星标记,以亲缘关系较远的大菱鲆父母本杂交构建的一个F1家系为作图群体,构建了大菱鲆遗传连锁图谱并对相关生长性状如:体长,体重,体厚进行了QTL分析。本研究的具体内容如下:1、采用富集文库-菌落原位杂交的方法构建大菱鲆微卫星富集文库,共筛选得到952个克隆,通过序列比对和重复序列筛查,得到含有重复序列的独立克隆753个,占全部克隆数的79.10%。通过tandem repeats finder (TRF)软件的进一步筛查,得到1004个含串联重复序列的位点,其中微卫星位点831个(82.77%),小卫星序列位点173个(17.23%)。利用实验室设计的软件对序列进行分析,得到结论如下:1)微卫星重复序列中,重复序列数目所占比例与累计长度的所占比例情况基本一致,两碱基重复类型累计长度所占的比例最大,其次是四碱基、三碱基、六碱基和五碱基类型,而单碱基重复类型在本研究中鲜有发现;2)重复单位拷贝数变异能力分析表明,变异系数最大的是三碱基;3)重复序列重复单位长度与其拷贝数的相关分析表明,二者呈负相关(r = -0.5, P= 0.072),即随着重复单位的增加,其拷贝数在减少。以上结果为物种之间微卫星分布频率和丰度的比较、微卫星标记的开发及微卫星进化和功能的研究等工作提供基础。2、本研究利用了富集文库-菌落原位杂交的方法开发的653个微卫星标记,利用含有F1代亲本在内的多个个体对位点进行多态性评价,共得到284个多态性的位点,其中158个标记在所构建图谱家系亲本间具有多态性,分别有125个和118个标记可用于母本和父本遗传连锁图谱的构建。卡方检验显示,母本分离标记中有偏分离标记(P<0.01)10个(8.0%),其它115个标记符合孟德尔1:1分离规律可用于连锁分析;父本分离标记中有偏分离标记(P<0.01)13个(11.0%),其它105个标记符合孟德尔1:1分离规律可用于连锁分析。利用父母本的分离标记,分别对大菱鲆母本和父本作图。所构建的母本连锁图谱共30个连锁群,110个标记连锁群总长度为919.1 cM,平均标记间隔为12.9 cM。所构建的父本连锁图谱共21个连锁群,110个标记连锁群总长度为721.7 cM,平均标记间隔为9.9 cM。根据计算,母本连锁图谱的预期长度为1695.0 cM,覆盖率为35.5%;父本连锁图谱的预期长度为1137.3 cM,覆盖率为48.2%。连锁分析结果显示,大菱鲆母本遗传连锁图谱比父本遗传连锁图谱长49.0%,这可能说明大菱鲆不同性别存在不同的重组率。利用所构建的图谱对大菱鲆体长,体重和体厚进行QTL定位。在父本连锁图谱上仅检测得到一个可能与体长相关的QTL。QTL定位,为我们从事今后的分子标记辅助育种工作提供了参考。