基因芯片筛选结直肠腺瘤癌序列相关基因的研究

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目的利用SD大鼠皮下注射1,2-二甲基肼盐,建立结直肠腺瘤-癌序列动物模型,建模成功后取材序列不同阶段(即正常、腺瘤、癌)结直肠组织标本;临床收集散发性结直肠肿瘤患者在腺瘤癌序列过程中的腺瘤与癌变组织,确诊以所取正常及病变组织病理诊断结果为依据。对所取大鼠与人的不同序列阶段的标本进行全基因测序,探讨结直肠腺瘤癌序列过程中的基因表达变化,重点观测腺瘤至癌变这一序列过程中的基因表达差异,进而发现新的结直肠肿瘤标志物,为结直肠癌的早诊断和预防癌变提供理论依据。方法1.SD大鼠腺瘤癌序列基因表达差异:选取建模所得的腺瘤癌序列模型大鼠,分别取其正常、腺瘤、癌结直肠组织,确诊所取组织以宁夏医科大学总医院病理科病理诊断结果为依据;选取6只大鼠的6组标本在生物芯片北京国家工程研究中心利用Affymetrix公司的Rat Genome2302.0Array芯片检测大鼠不同病变阶段的结直肠组织基因表达谱,筛选不同病变阶段的差异基因,并进行差异基因通路分析。2.人腺瘤癌序列基因表达差异:临床收集散发性结直肠肿瘤患者在腺瘤癌序列这一疾病进展过程中的腺瘤与癌变结直肠组织,确诊以所取病变组织经宁夏科大学总医院病理科病理诊断结果为依据,选取单一患者同时存在腺瘤与癌变结直肠组织的腺瘤癌序列标本6组,在生物芯片北京国家工程研究中心利用Affymetrix公司的Human Genome U133Plus2.0Array芯片检测人结直肠腺瘤与癌组织的基因表达谱,筛选腺瘤至癌变阶段的差异基因,并进行差异基因通路分析。3.人与大鼠结直肠腺瘤至癌变阶段基因信号通路表达差异并集:依据基因芯片扫描结果所得的人与大鼠腺瘤至癌变阶段差异基因表达谱信号值,行MAS3.0pathway方法对比分析SD大鼠与人的结直肠组织腺瘤至癌变阶段的通路富集情况,对比两个物种有统计学差异的共同基因信号通路,指导临床研究。结果1.利用Affymetrix公司的Rat Genome2302.0Array检测SD大鼠腺瘤癌序列结直肠组织,得出大鼠腺瘤癌序列以下三个较高危通路:Cytokine-cytokine receptor interaction,ECM-receptor interaction,Focaladhesion贯穿整个结直肠肿瘤发生进展过程中,具有明显的统计学意义(P<0.0004)。2.利用Affymetrix公司Human Genome U133Plus2.0Array检测人结直肠腺瘤与癌组织的基因表达谱,得出人腺瘤癌序列结直肠组织癌变阶段三个较高危基因信号通路:Cytokine-cytokine receptor interaction,ECM-receptorinteraction,Focal adhesion,具有明显的统计学差异(P<2.64E-15)3.人与SD大鼠动物模型腺瘤癌序列中腺瘤至癌变阶段基因表达谱进行对比分析,得出二者共同具有的腺瘤癌变阶段较高危基因信号通路:Cytokine-cytokine receptor interaction,ECM-receptor interaction,Focaladhesion,具有明显的统计学差异(P<3.76E-10)结论1.通过应用基因芯片技术对人与SD大鼠腺瘤癌序列各阶段基因表达谱进行分析研究,得出结直肠腺瘤癌序列存在高危基因信号通路:Cytokine-cytokine receptor interaction,ECM-receptor interaction,Focaladhesion及通路中差异表达基因。2.人与SD大鼠结直肠腺瘤癌序列机制具有很好的一致性,对二者上述3条通路机制进行研究,发现二者通路中相似基因和通路,对其研究可能发现高效迅速应用的临床诊断指标,明确其发病机制延缓或终止结直肠腺瘤组织癌变的发生。
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