论文部分内容阅读
目的 比较桐庐与慈溪产浙麦冬的基因信息、药效成分合成相关功能基因与代谢通路的差异。方法 采集桐庐与慈溪两地(浙麦冬种植地)二年生浙麦冬块根,提取Total RNA,构建cDNA文库和HiSeqTM-2500双末端测序,数据过滤组装,将获得的Unigene与NT、NR、KEGG、Swiss-Prot、GO、COG和KOG数据库进行比对,差异基因表达分析,SNP和SSR分析。结果 获得14.57G原始数据,经过数据过滤和转录组拼接组装,得到Unigene 111,736条,总长度83,044,647bp,平均长度 743bp,N50长度1,195bp,将获得的Unigene与NT、NR、KEGG、Swiss-Prot、GO、COG 和 KOG 数据库进行比对,分别有 51,120、62,634、38,882、45,028、34,979、26,816、44,205 条 Unigene 成功比对到上述数据库中。将获得的Unigene进行GO功能分类,成功把34,980条Unigene划分到三个大类56个功能组类别中。获得128条代谢通路,其中包括与浙麦冬主要药用成分黄酮合成相关代谢通路5条、皂苷合成相关代谢通路5条和多糖合成相关代谢通路5条。浙麦冬SNP变异位点252,927个,其中转换型有163,813个,占总变异数的64.77%;颠换型有89,114个,占总变异数的35.23%。发现简单重复序列20,863个,分布最多的是双碱基重复序列:7,274个,排在之后的分别是三碱基重复序列:6,316个和单碱基重复序列:5,519个。通过基因表达差异分析,发现桐庐和慈溪产浙麦冬之间有130个表达差异基因、23个基因功能分类和48条代谢通路。结论 桐庐浙麦冬与慈溪浙麦冬在转录组学上存在一定差异。转录组学研究方法可被应用于麦冬的地域差异研究。