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目的： 研究不明原因智力低下/发育迟缓（ID/DD）患儿中再发性16p11.2微缺失综合征患病率及再发性16p11.2微缺失综合征表型异质性；探索携带16p11.2微缺失者出现神经精神发育异常的遗传基础。 方法： 1、收集318例首都儿研所附属儿童医院神经内科诊治的不明原因ID/DD患儿，应用全基因组微阵列技术筛查是否存在16p11.2微缺失。 2、对确诊再发性16p11.2微缺失综合征的3名患者，收集其家系所有成员临床资料，家系所有成员利用全基因组芯片或多重连接探针扩增技术筛查家系内16p11.2微缺失。 3、对两个16p11.2微缺失家系，进行全基因组RNA表达谱检测，利用IPA、iReport分析携带16p11.2微缺失组和不携带16p11.2微缺失组是否存在的差异基因表达。 4、利用Ion Torrent半导体测序仪对16p11.2区域25个基因完成高通量平行测序。 结果： 1、318例不明原因ID/DD患儿中检测出3例再发性16p11.2微缺失综合征，检出率为0.94％。 2、对检测为再发性16p11.2微缺失综合征的3个患儿及其家系成员共14名进行筛查，共发现7例携带16p11.2微缺失，其中3例临床表型正常，4例存在神经精神发育异常，如孤独症谱系障碍、ID/DD。 3、全基因组表达谱分析发现携带16p11.2微缺失者与不携带16p11.2微缺失者在16p11.2微缺失区域共有7个差异表达基因(SPN、ALDOA、PPP4C、MVP、TAOK2、KIF22和PAGR1)。 4、对患者与携带者及患者父母的二代测序数据进行对比分析，未发现患者携带罕见、明确的致精神心理发育异常的基因变异点，然而通过对2个家庭的5例携带16p11.2微缺失者的单倍体基因型比对，发现患者、携带者及父母在SEZ6L2、TAOK2、DOC2A、KCTD13和TMEM219基因存在明显差异的单倍体型，其中TAOK2基因内SNP位点rs3814883、rs4077410和DOC2A基因内SNP位点rs3935873的单倍体型C-A-C在3个不同16p11.2患者中完全一致，T-G-T在2个携带者中完全一致。 结论： 1、国内首次发现16p11.2微缺失在318例不明原因ID/DD患儿的患病率为0.94%。 2、携带16p11.2微缺失者之间存在明显表型异质性。 3、再发性16p11.2微缺失综合征致病机理复杂，16p11.2微缺失可导致该区域内的一些基因的拷贝数变异（SPN，ALDOA，PPP4C，MVP，TAOK2，KIF22和PAGR1）；而一些基因的单倍体型遗传特征可能是携带16p11.2微缺失者的亚效等位基因/保护性等位基因，共同形成不同神经精神发育表型。 4、根据家系研究结果，首次提出单倍体型C-A-C可能是患者神经精神发育异常的亚效等位基因，单倍体型T-G-T则有可能为携带者无神经精神发育异常的保护性等位基因。 5、凡临床出现ID/DD合并ASD、脊柱畸形等临床表型时建议完善array-CGH/MLPA以明确是否为再发性16p11.2微缺失综合征。