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目的建立基于ALU序列的实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR by amplifying the ALU repeats,ALU-q PCR)检测游离DNA(circulating cell-free DNA,cf-DNA)浓度和完整性的方法,应用该技术检测结直肠良、恶性肿瘤患者及健康对照者血清cf-DNA的水平,探讨血清cf-DNA浓度和完整性的检测在结直肠癌(colorectal cancer,CRC)早期辅助诊断、预后判断和病程监控中的临床应用价值;评价血清cf-DNA浓度和完整性与结直肠肿瘤传统的辅助诊断指标癌胚抗原(carcinoembryonic antigen,CEA)联合检测的诊断效能。方法随机采集南通大学附属医院经病理确诊的104例CRC初诊患者、85例CRC手术患者、16例CRC复发/转移患者和63例结直肠息肉患者的血清标本,同期匹配110例健康对照者血清标本进行对比分析。采用ALU-q PCR方法定量检测血清游离DNA长、短片段(247bp、115bp)的含量,并以ALU115作为血清DNA的总水平、以ALU247/115指数作为检测cf-DNA完整性的指标;用化学发光方法检测相关肿瘤标志物CEA的水平。结果CRC初诊患者血清ALU115和ALU247/115中位数(1046.0 ng/ml、0.62)显著高于结直肠息肉(423.3 ng/ml、0.41)和正常对照组(385.4 ng/ml、0.38)(P均<0.0001),结直肠息肉和健康对照组之间差异无统计学意义(P>0.05);在预后相关指标中,CRC初诊患者血清cf-DNA(ALU115、ALU247/115)与患者年龄、疾病的组织分化、临床病理分期有一定的相关性(P<0.05);以血清ALU115含量694.0 ng/ml、ALU247/115指数0.52和CEA水平5 ng/ml作为诊断CRC初诊患者和健康对照者的临界值(cut off值),ROC曲线下面积(area under the ROC curve,AUC)分别为0.85(95%CI 0.81~0.91)、0.89(95%CI 0.85~0.93)和0.78(95%CI 0.72~0.84);对比ALU115、ALU247/115或CEA单独检测,三者联合检测提高了CRC初诊患者的诊断效率。CRC复发/转移患者血清ALU115和ALU247/115中位数(2228.1 ng/ml、0.68)显著高于CRC初诊(1046.0 ng/ml、0.62)(P=0.0021,P=0.0018)和CRC手术患者(524.1 ng/ml、0.48)(P均<0.0001)。我们发现cf-DNA的检测可用于监测肿瘤的动态,在20例随访的CRC患者中,术前血清ALU115、ALU247/115指数显著增加,术后呈逐渐下降趋势。结论ALU115、ALU247/115和CEA联合检测能够提高结直肠癌的诊断效率,血清DNA浓度和完整性指数对结直肠癌早期辅助诊断、预后判断和病程监控有一定的价值。