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玉米是重要的粮饲作物,高产优质玉米的获取至关重要。然而,实际生产过程中,存在着品种单一,同质化严重等现象,主要原因是种质遗传背景狭窄,技术储备相对落后,种质资源不足,基础研究周期慢长,同时在实践育种过程中不重视品质等,所以,对玉米自交系种质改良、创新的研究具有重要意义。本试验以259份不同血缘的玉米自交系(包含10份国内常用标准测验自交系)为供试材料,选取30对多态性优良的SSR标记,结合毛细管电泳技术对供试材料进行基因分型,用PowerMarker软件计算自交系间的遗传距离并进行同源性分析,并用MEGA软件构建了259份玉米自交系的群体图。与此同时,本研究利用近红外谷物分析仪对玉米籽粒进行无破损品质含量测定,对品质性状进行相关性分析。主要结果如下:1.本试验以10份标准测验自交系为测试群体,利用20对核心引物,对毛细管电泳和聚丙烯酰胺凝胶电泳技术进行对比分析。结果表明,有12对引物在聚丙烯酰胺凝胶电泳中无法清晰的区分条带间的差异,而在毛细管电泳中则可以清楚的显示差异,所以,本试验最终选用毛细管电泳技术,从常用的100对引物中筛选出多态性优良且均匀分布于玉米10条染色体的10对引物,与20对核心引物共同组成本试验所用的30对SSR标记。2.根据SSR标记分析表明,在供试自交系中共检测出228个等位基因变异,平均每对引物检测出7.57个,平均多态性信息含量0.69,多态性信息含量最大的是引物umc1705和引物phi96100(0.86),多态性信息含量最小的引物是bnlg240(0.37),基因多样性指数平均为0.73。3.259份玉米自交系间的遗传距离在0.27-3.37之间,平均遗传距离为1.37。0.39%集中在0.00-0.50之间,16.65%集中在0.50-1.00之间,51.9%集中在1.00-1.50之间,25.08%集中在1.50-2.00之间,4.41%集中在2.00-2.50之间,1.19%集中在2.50-3.00之间,0.38%集中在3.00-3.50之间。17W1339和17W1343之间的遗传距离最小(0.27),而有14对玉米自交系之间的遗传距离达到最大(3.37)。4.利用UPGMA聚类分析方法将259份玉米自交系划分为8大主要类群,主要根据国内10份骨干自交系划分并命名,第Ⅰ类群为改良Reid群,共计25份自交系,占总数的9.65%;第Ⅱ类群为Reid群,共计63份自交系,占总数的24.32%;第Ⅲ类群为PA群(改良Reid群Ⅱ),共计11份自交系,占总数的4.25%;第Ⅴ类群为旅大红骨群,共计39份自交系,占总数的15.06%;第Ⅵ类群为塘四平头群,共计47份自交系,占总数的18.15%;第Ⅶ类群为Lancaster群,共计56份自交系,占总数的21.62%;第Ⅷ类群为自330亚群,仅由7份自交系组成,占总数的2.70%;第Ⅳ类群是唯一一类不含有标准测验自交系的类群,由11份自交系组成,占总数的4.25%。5.采用近红外谷物分析仪对259份玉米自交系的主要品质性状(蛋白质、脂肪、容重、淀粉)进行相关性分析。结果表明,蛋白质与脂肪、蛋白质与容重含量均为极显著正相关,容重与脂肪含量呈极显著正相关,淀粉与脂肪、淀粉与容重、淀粉与蛋白质含量均为极显著负相关。