【摘 要】
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在蛋白质与蛋白质的相互作用中,包埋面积往往在12~20平方纳米之间,涉及10~30个氨基酸残基,其相互作用要求蛋白质接触表面界面形状互补,但是对结合起决定性作用的往往只是其中的3~4个
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在蛋白质与蛋白质的相互作用中,包埋面积往往在12~20平方纳米之间,涉及10~30个氨基酸残基,其相互作用要求蛋白质接触表面界面形状互补,但是对结合起决定性作用的往往只是其中的3~4个残基。 本文选取了大肠杆菌分子伴侣GroE系统的大小两个蛋白亚基GroEL和GroES,根据其在蛋白质数据库(Brookhaven PDB)中的晶体结构数据,分析了GroEL顶端区域在其靶蛋白和GroES结合前后结构与功能的关系,讨论了GroEL的结构转变对其中心通道可及性和疏水特性的影响。将蛋白质表面残基的可及性和该残基的疏水特性相结合,定义了一个参数Φ,并用此方法分析了GroEL和GroES相互作用的3个氨基酸,得到了很好的结果。在此基础上,进一步用SwissPDBViewer对GroEL的核酸结合口袋进行了分析,结果表明活性中心与ADP磷酸键结合的残基Thr30可能与能量的传递有关。 植物Rubisco是研究分子伴侣相互作用的一个最常用的模型底物。无论是Ⅰ型还是Ⅱ型Rubisco在装配时都需要GroE7和GroE14的协助。因此,在上述工作的基础上,本文通过对与不同配基结合的植物Rubisco复合物的重叠比较,分析了造成Rubisco活性差异的原因是由于其中一段Loop6环序列所造成的:金属离子与活性中心的结合会造成活性中心巨大的结构变化。进一步用SwissPDBViewer模拟不同配基的植物Rubisco活性中心与此Loop环的氢键相互作用,结果表明有3个赖氨酸残基与Rubisco是否处于活性状态密切相关,这些残基的结构变化对分子设计可能有重要的参考价值。 此外,本文还进行了利巴韦林的中试研究。
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