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利用高通量测序技术对北海湖微生物的群落结构特征进行分析，深入了解湖水微生物生态特征，具有重要的科学和实际意义，论文主要研究结果如下: 于2014年9月至2015年8月（除11月和2月）逐月采集出水口水样。水质分析表明，受总氮(TN)和总磷(TP)影响，夏季和秋季的水质较冬季和春季差，TN和TP是影响水质的最重要因素。通过MiSeq高通量测序分析微生物群落结构表明:蓝细菌门(Cyanobacteria，6.03％～40.40％)、变形菌门(Proteobacteria，16.16％～40.40％)、放线菌门(Actinobacteria，14.31％～37.45％)和拟杆菌门(Bacteroidetes，2.72％～29.03％)是湖水中的优势门，具有明显的季节性分布。RDA(redundancy analysis)环境因子分析指出，水温对北海湖微生物群落结构影响最大。 于2016年3月采集出水口、入水口和湖中央底泥样品，通过HiSeq高通量测序技术对底泥细菌和真核生物微生物群落结构分析。研究结果表明:3个采样点底泥的微生物群落结构具有差异性;细菌群落结构多样性较高，包括变形菌门(39.47％～43.07％)、绿弯菌门(Chloroflexi，15.67％～24.36％)、拟杆菌门(Bacteroidetes，2.18％～10.10％)、厚壁菌门(Firmicutes，1.05％～10.67％)、酸杆菌门(Acidobacteria，1.20％～8.62％)，这些微生物常在重污染底泥中出现。真核生物群落结构多样性相比要低很多，包括Diatomea(6.68％～50.43％)、unidentified_Eukaryota(12.05％～31.05％)和Chlorophyta(7.06％～16.98％)组成。Spearman相关分析表明，在属分类水平，TP对底泥中细菌和真核生物的群落结构影响最大。