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从阶和范畴语法理论框架(Halliday，1961)、系统语法(Halliday，1966)和功能语法(Halliday，1968)开始，系统功能语言学的理论不断完善和发展，词汇语法层和语义层的相关研究成果比较丰富，如Halliday(1970a，1985b/1994)、Matthiessen(1995)、Martin(1992)以及Martin和White(2008)的相关研究。相比之下，音系层则得到较少关注。Prakasam(1972，1976，1977，1992)、Mock(1985)、Tench(1990，1992a，1992b，1996)等学者率先从系统语言学角度描述了不同语言的语音系统，系统音系学(systemic phonology)就此产生。但在系统音系学研究中功能的维度一直受到忽视。
本文指出在系统音系学中应考虑功能维度，将系统功能音系学定义为一种非普遍性的描述方法，它通过级阶单位组成的结构和以功能为导向的系统网络来描述特定语言的音系系统，从而符合系统功能语言学作为一种普遍的适用语言学理论的研究初衷。
本文分为5章。在第一章“导论”简要介绍本文的研究背景、意义和论文结构以后，第二章“文献综述”回顾音系学研究，系统音系学的源起、发展和核心概念以及Halliday对汉语音系系统的系统研究。第三章“理论基础”在系统功能语言学的框架下阐明系统功能音系学的概念及其合理性，进而提出系统功能音系学的理论框架。第四章“构建汉语音系系统功能矩阵”首先将汉语音系级阶单位分为语篇一语调群-韵律短语-韵律词-音节；然后通过大量的例证按照级阶顺序说明汉语音系特征是重要的意义制造资源，同时阐明重音(词重爵和句重音)、音段延长或缩短、音高升高或降低、字调、句调、平仄和谐和押韵等韵律现象在三大元功能中的体现。例如：儿化和词重音具有区别意义和词类的概念功能，同时反映人们的经验识解和语法单位的内在逻辑关系。旬重音和音段延长可表征口语交际中的信息焦点。句重音同时与信息结构紧密联系。押韵、音节协调和平仄和谐有助于语篇的衔接与连贯，同时是重要的修辞手段。最后，提出建构了级阶-功能-精密阶的三维立体图和以系统为组织基础、以功能为动因的汉语音系系统功能矩阵。最后一章“结语”总结全文，并展望了本研究的未来发展方向。