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目的：药品零差率销售政策作为国家基本药物制度的突破口，在安徽省试点以来取得了初步的成效，并且已经在全省基层医疗机构全面推开。零差率销售取消了基层医疗机构的药品加成，药品销售利润由政府给予经济补偿，这样难免给一直以来以“以药养医”模式运行的基层医疗机构产生一定的影响。本研究旨在分析实行药品零差率前后基层医疗机构总体运营状况和财政补偿现状，为医疗服务价格的进一步改革提供理论依据；分析实行药品零差率前后基层医疗机构医疗服务和药品收入结构比重情况及作用；探讨药品零差率对基层医疗机构的医疗费用和经济运行的影响。方法：通过Excel2010对样本县区调查数据进行统计分析，比较零差率销售试点前后两年基层医疗机构收支构成及医疗服务开展的变化情况；通过专家咨询和现场座谈了解和比较医改部门相关的政策及措施。结果：（1）医疗机构各类收入总体呈下降趋势，但收支结余大幅增加，而从各地区来看盈利机构数量有所上升，收支结余增加的机构占70%；（2）医疗机构固定资产和净资产增长率分别下降99%和98%，固定资产投入基本停滞，然而资产负债率下降了34%，机构负债情况得到了一定的缓解；（3）门诊和住院的次均药品费用有所下降，幅度分别为3%和17%，但门诊检查费用有增加趋势，并且门急诊人次和病床使用率分别下降25%和35%；（4）药品收入占业务收入和医疗收入的比重仍维持在50%左右，远远高于全球范围20%的标准，“以药养医”的现状并没有得到明显改善。结论：政府应当完善补偿机制，采用多渠道相结合方式补偿，合理测算补偿额度，保证补偿及时、足额到位；基层医疗机构及上级卫生主管部门应加强政策宣传和监督管理，引导医务人员对零差率药物的优先与合理使用，防止检查及其他医疗费用的任意增长；基层医疗机构也要加强引进人才和先进技术，合理配置卫生资源，优化服务质量，防止上级医院人满为患。