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企业与科研机构的合作创新，目前已成为技术创新的重要组织形式。中关村作为我国的一个核心创新区域，近年来企业与科研机构的合作创新不断发展，日益呈现出多形式、多层次、多目标的特征。本研究拟通过对中关村企业-科研机构合作创新状况进行调查，探讨合作创新模式的形成机制，对合作创新模式进行分类、选择和评价，进一步完善企业-科研机构合作创新理论，为政府有效发挥促进作用、推动中关村企业-科研机构合作创新升级、完善区域创新体系提供理论指导。
本研究对中关村地区企业-科研机构合作创新模式进行了问卷调查。调查表明，56.8％的企业有过与科研机构合作创新的经历，具体形式主要为共同研究等。对于合作效果最高的三个评价分别是新商品、新技术的开发；提高企业自主创新能力；发掘将来的研究课题。影响合作的最主要因素是“研究内容的中心是否明确”。
本研究首次提出合作创新模式的定义，即：企业和科研机构为达到各自的创新目标，基于共同的外部环境、各异的自身条件，在合作进行技术创新时，所采取的合作形式、组织结构、利益分配方式等的组合。其中，影响合作创新的主观因素主要是合作双方的动机、需求和目标;客观因素主要是合作双方所处的外部环境和合作双方的自身条件。合作双方的要素投入、过程控制和结果分配，构成了合作创新模式的具体内容。
根据合作创新模式的形成机制，本研究将企业-科研机构合作创新的模式划分为股份公司型、研发一体型(其中又分为两种情况)、战略型、成果拉动型、外包型、代工型等六种，并从模式框架、优缺点、适用条件等方面对这六种合作模式进行了分析。本研究从合作创新的周期、与科技资源的合作基础、对企业核心竞争力的提升途径、对企业核心竞争力的影响力度等角度，分析了各种模式对企业的影响和作用力度，为企业选择合作模式提供了理论依据。
本研究还重点分析了当前我国政府支持合作创新过程中的问题，并对政府促促进企业-科研机构合作创新提出了措施建议。