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II型限制性内切酶Sau3AI识别双链DNA中的GATC序列，并在鸟嘌呤的5’端切断双链，目前它已经被广泛应用于DNA库的构建和基因组的研究中，但是对于其与DNA作用方式、识别DNA甲基化的结构基础还缺乏足够的了解。
Sau3AI的N端及C端结构域都能与DNA错配修复蛋白MutH比对，其中N端与MutH同源性较高，并且二者都具有II型限制性内切酶所具有的典型的活性结构域D(X)6-30(E/D)XK模式，因此通常认为N端是其催化结构域；而C端只有部分与催化相关的残基，功能未知。
本文作者的研究表明Sau3AI的C端可以结合一个拷贝的含有识别位点的双链DNA，但是不具有酶切活性。用多波长反常散射法获得了该片段1.9 A分辨率的晶体结构，其总体结构与MutH相似，都为“V”字型，中间的凹槽应为潜在的DNA结合区域。
同样利用MAD法，本文作者解析了全长蛋白Sau3AI/E64A突变体的晶体结构。整个结构由两个都与MutH相似的结构域组成，中将通过一个铰链区相连，这也证实了Sau3AI是一个假二聚体。按照结构中的堆积方式，C端结构域中伸出的一段回折的环区恰好覆盖在N端潜在的DNA结合凹槽上，只有两个结构域的堆积方式发生改变，才能使N端的DNA结合凹槽及活性结构域处于可用状态。基于结构分析并结合文献报道的Sau3AI的酶切性质，提出了Sau3AI的自活化模型：当DNA底物存在时，C端结构域先结合DNA底物后引起蛋白的构象变化，解除N端结构域结合DNA的空间位阻，从而使得N端的活性结构域能够发挥作用。