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水稻杂种优势利用已取得很大进展，但水稻不育分子机理及不育基因克隆研究还没有很大进展，至今为止没有水稻不育基因被克隆。本研究以天津农学院选育的水稻普通核不育系Sh38、温敏核不育系J20S为材料进行了两个不育系的遗传分析及不育基因的分子标记定位。同时对基因定位群体构建、SSR标记多态性、SSR标记用于水稻籼粳分类及DNA指纹分析及SSR标记揭示的籼粳基因组序列多态性等方面进行了分析。