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凤凰单丛，是凤凰水仙群体中优异单株的总称，单丛茶资源是在茶农“自选、自育、自用”的方式中形成的，被中外专家认定为目前世界上数量最多、罕见多香型、多品种的栽培型珍稀茶树资源，被中外学者称为“中国的国宝”。AFLP分子标记技术是上世纪90年代兴起的一种分子标记，以其稳定性好、重复性高、覆盖面广、多态检出率高等优点被迅速且广泛地运用于生命科学各领域中。本研究采用AFLP技术对34个凤凰单丛古茶树资源进行遗传多样性、分类及亲缘关系及种质鉴定等方面的研究，为凤凰单丛古茶树资源的评价、分类、选育优质资源和保护利用提供理论依据。获得的主要研究结果如下：1．本研究利用5对引物组合E41M42，E41M39，E41M33，E44M42，E44M33对34个凤凰单丛古茶树资源进行了AFLP分析，获得清晰可见的DNA指纹图谱，扩增片段大小在50～600bp之间。5对引物共扩增出438条带，平均每对引物扩增87.6条带，多态性条带348条，平均每对引物的多态性带数为69.6条，平均多态性频率为79.3％，说明凤凰单丛古茶树资源的遗传多样性较丰富。34个凤凰单丛古茶资源之间遗传距离的变异范围在0.13～0.49之间，平均为0.33。其中大庵宋茶与棕蓑挟之间的遗传距离最低，为0.13，两者之间亲缘关系非常密切；字茅黄栀香与福南蜜兰、白叶单丛与通天香之间的遗传距离最大，均为0.49，表明字茅黄栀香与福南蜜兰、白叶单丛与通天香之间的亲缘关系最远。2．采用DPS 2000软件中的UPGMA法，对DNA扩增结果进行聚类分析，获得聚类树状图。在遗传距离为0.41处取一结合线，可将34个凤凰单丛古茶树资源分为3大类；在遗传距离为0.32处取一结合线，可以将34个茶树品种分为13大类。表明凤凰单丛资源遗传的多样性和复杂性，本研究结果可以作为凤凰单丛分类的理论依据和基础。3．用AFLP技术对34个凤凰单丛古茶树资源进行种质鉴别分析，结果显示，选用的5对引物中，引物组合E41M42、E41M39和E41M33的鉴别效率为100％，可鉴别出供试的全部资源；有23份资源具有特异带，占供试材料的67.6％。这充分说明了用AFLP技术鉴定茶树种质资源的效率很高。