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主要组织相容性复合体（Major Histocompatibility Complex，MHC）是脊椎动物中编码免疫球蛋白样受体的基因家族，常呈现出高度的遗传多样性，与动物的抗病性和生长发育等重要经济性状密切相关。本研究以我国重要的养殖鱼类尼罗罗非鱼为实验材料，采用PCR、同源克隆、RACE、RT-PCR等技术，对MHC家族ⅠA、ⅡA和ⅡB3个基因进行了克隆、表达与多态性分析。主要研究结果如下：（1）获得尼罗罗非鱼MHCⅠA基因cDNA的3′端序列，MHCⅡA、MHCⅡB基因的cDNA全序列：获得的MHCⅠA基因cDNA3′端序列长957bp，含666bp的CDS和291bp的3′-UTR区，其中3′-UTR区具有真核生物共有的加尾信号AATAAA和29bp的PolyA尾巴，其编码的221个氨基酸包含了部分的多肽结合区、全部的IGC区以及跨膜区和胞质区；MHCⅡA基因cDNA序列全长1205bp (Orni-DBA*0101，Genebank登录号：JF719813)，开放阅读框长720bp，编码的蛋白质分子包含1个信号肽、2个胞外结构域(α-1和α-2)、1个跨膜区和1个胞质区，存在4个保守的半胱氨酸残基以及丰富的磷酸化位点，与其他物种的相似性在23%-65%之间；MHCⅡB基因cDNA序列全长1143bp(Orni-DAB*0101，Genebank登录号：JF713026)，包含35bp的5’-UTR、756bp的开放阅读框和352bp的3’-UTR，编码的蛋白质分子包含1个信号肽、2个胞外结构域(β-1和β-2)、1个跨膜区和1个胞质区，存在丰富的磷酸化位点，与其他物种的相似性在27%到70%之间。（2）获得了MHCⅡA及MHCⅡB基因组DNA序列：MHCⅡA基因组序列长1388bp，含4个外显子和3个内含子，外显子1编码信号肽区，外显子2编码α-1区，外显子3编码α-2区，外显子4编码跨膜区及胞质区；MHCⅡB基因组序列长2428bp，含6个外显子和5个内含子，外显子1编码信号肽区，外显子2编码β-1结构域，外显子3和4共同编码β-2结构域，外显子5和6编码连接肽、跨膜区以及胞质区。（3）MHCⅡA及MHCⅡB分子均由多个基因位点编码，等位基因间均存在丰富的多态性，且变异主要集中在多肽结合区：从4尾健康的尼罗罗非鱼肝脏cDNA中共得到8个MHCⅡA序列，8条序列间存在丰富的多态性且主要集中在α-1区，其中从1个个体获得4条不同的cDNA序列，这预示着尼罗罗非鱼MHCⅡA基因至少存在2个基因座位；从5尾尼罗罗非鱼中获得10个MHCⅡB序列且等位基因序列间存在丰富的变异，变异主要集中在β-1区，其中从同一个体获得5条不同的cDNA序列，预示着尼罗罗非鱼MHCⅡB中至少有3个基因座位。（4）RT-PCR分析结果显示，递呈外源性抗原的MHCⅡA及MHCⅡB基因在健康尼罗罗非鱼的脑、心、脾、肝、头肾、肠、肌肉、鳍、胸腺、性腺、鳃和胃12个组织中均有表达，但是表达量有所差异，体现了其表达与功能的适应性：MHCⅡA基因在脾、肾、肠、鳃、性腺、肝、心脏组织中表达量很高，在鳔和肌肉中表达量最低；MHCⅡB基因在脾、肾、鳃和肠中表达量最高，性腺、肝、心脏、脑、鳍、胃中表达程度中等，在鳔和肌肉组织中表达量最低。（5）人工感染嗜水气单胞菌，应用RT-PCR半定量技术，检测了感染后不同时期尼罗罗非鱼5个组织（肝、脾、肾、鳃、肠）中MHCⅡA及MHCⅡB基因mRNA表达水平的变化。结果显示，5个组织中MHCⅡA及MHCⅡB基因的mRNA水平均发生了不同程度的变化，提示MHCⅡA及MHCⅡB作为重要的免疫因子，在清除病原的免疫反应中起着重要作用，可以考虑将其做为检测机体抗病力水平的一种指标。（6）分别根据MHCⅠA、ⅡA和ⅡB这3个基因氨基酸序列的IGC区构建了脊椎动物的系统进化树，结果表明其拓扑结构基本一致，说明这3个分子的IGC区序列可以作为研究鱼类种间进化关系的分子标记。