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分子间的非共价相互作用广泛存在于自然界中。研究小分子与生物大分子如核酸和蛋白质分子之间的相互作用，在众多领域包括医学、药学及生物学等都具有重要的意义。
目前亲和毛细管电泳法主要应用于研究小分子与生物大分子，特别是药物与蛋白质和核酸之间的非共价相互作用，测定的结合常数在药物的开发、评价和筛选方面具有非常重要的意义。但是，目前ACE法中结合常数的计算过程繁琐，涉及到电压、毛细管有效长度和总长度等参数，并且所得结果的线性不太好。本论文将加入缓冲溶液中的生物大分子看作是色谱中的“假固定相”，推导了计算结合常数的公式，建立了一种简单、有效地测定结合常数的毛细管电泳方法，并将此法应用于三个实际体系的研究：1.首先应用传统的“配体分离法”测定了五种具有抗HIV活性的化合物与HIVTARRNA相互作用的结合常数。然后采用笔者推导出的计算公式，分别测定了活性化合物与BSA和TARRNA的结合常数。同时考察了温度对结合过程的影响，测定了结合反应的热力学参数，据此确定了反应的作用力类型。
2.应用此法研究了小分子肽化合物与SARSCoV3CL蛋白酶及其突变体的相互作用。测定了小分子肽化合物N8、N84A和P5A与SARSCoV3CL蛋白酶及其突变体C145A和A7N相互作用的结合常数。同时测定了结合反应的热力学参数，据此确定了反应的作用力类型。
3.以万古霉素和二肽N-Acetyl-D-Ala-D-Ala相互作用的经典体系为模型，应用此法测定了不同pH值条件下相互作用的结合常数，验证了计算公式的准确性和可行性，并讨论了导致结合常数有差别的可能原因。