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黑木耳Auricularia auricula（L.ex Hook.）在分类学上隶属于真菌界、担子菌纲、木耳科、木耳属,是一种具有很高的食、药用价值的食用菌。黑木耳是我国传统的出口商品,我国黑木耳产量占全世界96%以上。目前我国黑木耳菌种市场混乱、菌种管理滞后,乱引种、命名现象较普遍,本研究利用RAPD技术对40份不同地区栽培的黑木耳菌种的遗传多样性和亲缘关系进行分析、鉴别黑木耳菌株间的亲缘关系远近,为黑木耳菌株的鉴定和种质资源的评价提供科学依据。结果如下:采用CTAB法快速提取到了较高质量黑木耳基因组总DNA用于RAPD扩增。从148个随机引物中筛选出11个可稳定扩增的引物,用这些引物对四十个黑木耳菌株进行RAPD分析,结果表明,11个引物共扩增出76条带,多态性条带为59条,多态性的频率为77.63%,多态性比率较高。确定了RAPD-PCR黑木耳最适25μl反应体系为:模板DNA浓度为15ng·μL-1,Mg2+浓度为2.0 mmol·L-1,TaqDNA聚合酶1U,dNTPs的浓度为150μmol·L-1,10碱基引物浓度为10 pmol,10×缓冲液浓度为2.5 mmol·L-1,其余用重蒸馏水补充。扩增程序为:94℃预变性5 min,94℃变性1 min,36℃复性1 min,72℃延伸1.5min,共40个循环;最终72℃延伸7 min。采用UPGMA系统聚类法,聚类分析结果表明,在遗传距离0.27水平下,可将供试菌株划分为四大类:哈尔滨微生物研究所的菌株黑29单独聚为一类;辽宁省锦州市菌株森花单独聚为一类;2003（延边大学农学院）、7号（延边真菌研究所）、11号（延边大学农学院）、黑29（吉林省蛟河市）、金禾（黑龙江省牡丹江市）聚为一类;其它菌株聚为一类。