【摘 要】
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基因重复研究是生物进化研究的热点问题。它与生物体基因组大小的进化、新基因的起源、物种的分化以及基因抗突变的能力大小等都密切相关。水稻(Oryza sativa L．)是最重要粮食
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基因重复研究是生物进化研究的热点问题。它与生物体基因组大小的进化、新基因的起源、物种的分化以及基因抗突变的能力大小等都密切相关。水稻(Oryza sativa L．)是最重要粮食作物之一，其基因组也是禾谷类作物中最小的，且易于遗传操作并与其他禾本科作物存在共线性关系，目前已成为遗传学和基因组研究的模式植物。因此，水稻全基因组基因重复的研究对探索水稻及其近源物种的起源、分化以及各自基因组中不同基因家系的不同进化方式的研究都将十分有意义。虽然对水稻全基因组基因重复的研究已有报道，但由于数据库拼接错误、转座子基因(TE)的处理不当、对大于2个基因的基因家族的组合的方式计算错误等不足，十分有必要重新对水稻全基因组重复基因进行更系统、更合理的研究，以期建立一套重复基因研究的标准化处理方法和建立一套完整的水稻全基因组的基因重复研究平台，为系统的研究基因组中不同功能的基因家系的进化方式打下坚实的基础。
本文以TIGR中水稻Nipponbare最新注释数据库(2005年5月)为基础，通过基因家族的鉴别，严格的TE和重复序列(repeat)的除去，基因排序与遗传参数的计算等，对整个水稻基因组范围内基因重复进行了系统研究，得出如下几点结论：1) 水稻中存在大量的大片断基因重复、串连基因重复和分散式基因重复，它们对水稻基因组进化产生重大的影响；2) 大片断基因重复区域占全基因组的59％，所包含区域基因占全部基因的77％，但区域内已经丢失的基因占87.2％，说明了水稻大片断基因重复普遍性与重复基因的高丢失率；3) 证实水稻大片断基因重复的产生是一个爆发性的事件而串连基因重复和分散式基因重复的产生的速度则相对恒定连续的过程；4) 第一次用数值的形式估算大片断重复基因产生初期的选择作用对其进化的影响，从实验结果中可知其产生的初期
选择作用对进化的作用非常的微弱；5) 根据实验数据对水稻染色体的进化模式提出了一个可能的进化方式和假设，对今后研究水稻染色体的进化研究具有一定的参考价值。
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