【摘 要】
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计算两棵有序树的相似度在RNA二级结构比较、遗传达室学和化学结构分析中有广泛应用.通过计算用有序树表示的RNA二级结构的相似度可以识别RNA二级结构折叠过程中的保守结构,
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计算两棵有序树的相似度在RNA二级结构比较、遗传达室学和化学结构分析中有广泛应用.通过计算用有序树表示的RNA二级结构的相似度可以识别RNA二级结构折叠过程中的保守结构,还能发现不同物种的RNA二级结构之间的同源性,从而构造分类树.衡量两棵有序树的相似度有很多种方法,比对树是其中的一种方法,由于它能反映出结构的相似度,从而反映出功能方面的相似度,因此在衡量RNA二级结构相似度方面它更具优势.在此之前,关于有序树的比对已经有一些算法和结论,但是没有算法考虑类似序列比对中的空隙概念.该文在比对树概念的基础上增加空隙的概念,提出在考虑空隙时计算两棵有序树的最优比对树的算法.由于RNA二级结构的比对与DNA序列比对一样,在打分方面存在异议,当RNA折叠过程中保守程度较高时,不同的打分对最优比对树的影响较小,但当保守程度较低时,最优比对树对打分就十分敏感,打分稍有变化,很可能得到不同的最优比对树.这样就需要一种方法来研究最优比对树如何随打分变化而变化,参数化比对就是这样一种方法.关于序列比对已经开发了很多参数化比对程序,因此该文还开发了参数化比对两棵有序树的工具.
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