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本论文将信息科学引入到中药现代化研究中，提出了一些新方法、新思路，具体包括：中药药理和化学信息的收集和规范化;寻找中药药理名词的现代药理解释，据此探索在理论层面沟通中西医学体系的途径；探索中药药效的物质基础；基于中药活性化合物的计算机辅助药物设计研究。
1，在数据收集方面，开发了专门的辅助录入系统以提高中药化学数据库的数据录入效率，该系统可以在文献中自动提取关键语句，帮助实现快速录入、查重等工作。数据的规范化通过对中药化学数据库进行数据仓库改造实现，整个改造工作由分析数据库数据构成，确定主题，设计数据仓库结构，数据的清洗和整理，维表建设，共五步骤组成。试验证明建成的数据仓库能够为各种中药信息学研究提供便捷的数据支持。
2，基于大量实验数据，使用统计学方法把现代药理学术语和中药药效的概念联系起来。其中，基于《中华本草》的药理数据，为44类中药药效给出了现代药理学的解释。每一类中药药效都和几类药理活性相联系，每一个联系都有统计可靠性的量度。由于只对实验数据进行统计学处理，不要求任何假设，因此结果是客观的。
3，中药的物质基础是受到广泛关注的一个问题，本论文将研究重点集中在同时存在于多种有同一类中药药效的中药中的化合物，并将其称为“共有化合物”。并以泻下、止痛和清热三种药效为例，对共有化合物与中药药效间的关系进行了研究，发现共有化合物的现代药理活性与其所属中药的中药药效类别有很强的对应关系。
4，中药化学数据库作为一个包含大量分子结构信息的数据库可以支持药物设计研究。针对黄酮类醛糖还原酶抑制剂，选择了31个黄酮类化合物作为训练集，使用Catalyst软件包构建了具有较好预测能力的药效团模型。此外，使用InsightⅡ／Affinity进行了分子对接研究。综合两方面的研究结果，发现黄酮类化合物的抑制作用主要源于黄酮骨架上的C4或C3位的羟基与醛糖还原酶活性口袋中的TYR48、VAL47、GLN49；C7位的羟基与HIS110、TRP111，所形成的两组氢键。