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目的：手足口病(Hand-foot-mouth Disease，HFMD)是由多种肠道病毒感染引起的常见感染病，多于发婴幼儿。其中最常见的是肠道病毒71型（EV71)和柯萨奇病毒A16(CA16)，可出现发热和手、足皮肤疱疹，口腔咽峡黏膜溃疡。手足口病为自限性疾病，多数患者感染后预后良好，少数患者可引起心肌炎、肺水肿、无菌性脑膜脑炎等较严重病变，有的患者甚至会死亡。近年来，世界各地均不断有手足口病暴发流行的报道，引起严重并发症，甚至死亡，已成为全球性的公共卫生问题。2008年，中国多个地区暴发手足口病疫情，全国累计报告手足口病近25000例，其中34名儿童死亡。2009年4月初，仅山东省就有累计报告手足口病例11489例，重症病例260余例，死亡病例15例，疫情仍在不断发展。2010年，全国手足口发病官方报道数字就达到177万多。亳州是皖北也是全国手足口的多发地，因此对该地区2011年度手足口病流行特征的研究及如何早期、快速、准确地检出病原，在以后对手足口病的预防，检测及治疗过程中具有重要意义。如何在发病早期评价其发生重症事件的危险性并及时给予正确干预，对改善疾病预后、提高患者的生存率至关重要。本研究对2011年1~12月儿童手足口病流行期间的手足口病患儿进行病原学检测，以了解亳州市肠道病毒的感染情况，并研究如何早期、快速、准确地检测出病原，为手足口病的综合防治和肠道病毒的动态监测提供依据和手段。方法：选择2011年1~12月在亳州市CDC辖属区上报的手足口病例193例，采集咽拭子188份，对亳州市人民医院临床诊断为手足口病的患儿同时采集粪便、疱疹液及脑脊液标本64份，用荧光定量PCR(FQ-PCR)方法对上述252临床标本进行EV、EV71和CA16病毒特异性核酸片段检测；对193例临床诊断病例采集的252份不同种类的标本的阳性率分别进行比较，并判断不同标本检出率是否具有统计学差异，以寻找方便易得、患者依从性好的实验室临床诊断标本；对188份中的124份咽拭子用逆转录聚合酶链反应（RT-PCR)进行检测，比较两种方法阳性检出率的差异，同时对两种方法检测相异的结果送至北京华肽先锋生物有限公司做测序；收集HFMD患儿的临床流行病学资料，利用SPSS13.0软件录入检验结果后进行数据统计分析，两样本率的比较用四格表/配对卡方检验，多个样本率的比较用行乘列表卡方检验。结果：1.193例患儿共采集252份标本，其中咽拭子188份、粪便53份、疱疹液7份、脑脊液4份，标本采集的平均时间为患病后3.5d;咽拭子标本病毒检出率为75.00%(106/188)，粪便检出率为81.13%(43/53)，疱疹液标本检出率85.71%(6/7)，脑脊液的检出率25%(1/4)，本研究表明疱疹液标本的病毒检出率较高。2.252份临床诊断的手足口标本中，191份为肠道通用病毒阳性,其中106份EV71阳性，25份CA16阳性，60份EV71、CoxA16同时阳性，EV71的阳性检出率显著高于CA16和混合感染的阳性检出率（x2=63.369，P=0<.0000.05)，且CA16单独感染较少见，往往伴随EV71的流行。3.本研究中对53份临床诊断病例进行联合采样，咽拭子、粪便、疱疹液和脑脊液不同种组合方式的阳性率也有所不同，联合采样的阳性率有所提高。4.本研究中FQ-PCR和RT-PCR两种方法对EV71和CA16阳性检出率比较,差异均有显著的统计学意义（x2分别为99.2、101.98，P均等于0<.0000.05)。5.本研究中有141份标本EV71呈阳性或CA16呈阳性或他们同时阳性(总的阳性检出率为75.00%)，但病毒核酸的阳性检出率在不同时间阶段的差异，显示具有统计学意义。结论：1.EV71和CA16是2011年度本地区HFMD流行的主要致病病毒。2.亳州地区2011年手足口感染以EV71为主，且CA16的感染往往伴随EV71的流行。3.本次手足口病流行，EV71阳性患儿和CA16阳性患儿的症状均较轻，临床表现相似，临床难以区别。4.所采集的HFMD患者的临床标本中，疱疹液标本的病毒检出率较高，粪便、咽拭子标本次之，脑脊液最低，但检出率的比较，差异无统计学意义（x2=6.888，P=0.076>0.05)。5.本研究中RT-PCR和FQ-PCR两种方法的阳性检出率比较，有显著性差异。FQ-PCR检测灵敏度较高，且能检测到病毒具体的拷贝数，可用于本HFMD病原的早期诊断，而RT-PCR更适用于疫区大规模的早期常规检查。