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间座壳属（Diaporthe）隶属真菌子囊菌门(Ascomycota)，粪壳纲（Sordariomycetes），间座壳目(Diaporthales)，间座壳科(Diaporthaceae)，其无性阶段曾被归入拟茎点霉属（Phomopsis）。该属植物病原真菌可引起包括叶斑病、叶枯病、腐烂病等严重植物病症，宿主范围广泛，包括大量经济作物如大豆、茴香、杏树、向日葵等，世界广布，其中一些物种还是检疫物种。作为间座壳科下最大的属，间座壳属及其无性型拟茎点霉属下均含有超过900个种及亚种、变种等种下分类单元。 本研究在大量搜集模式及新鲜菌株的基础上，通过形态学与多基因系统发育分析相结合的方式解决上述问题。作为间座壳科下最大的属，间座壳属通常被认为是单系属，具有显著的区分于其他种属的形态学特征。本研究对该属的分类学地位进行了研究，基于LSU、ITS和TEF1的多基因系统发育学分析结果表明，间座壳属物种被间座壳科下形态各异的五个属（Mazzantia，Ophiodiaporthe，Phaeocytostroma，Pustulomyces，Stenocarpella）分隔开来。间座壳属并非单系类群，而是典型的并系类群。本研究进一步提出这是由环境适应或者寄主适应所驱动的趋异进化案例。同时，本论文认为将间座壳属细分为多个属以实现单系类群的分类调整方案还具有诸多问题，目前不宜实施。 本研究从国内外获得间座壳属菌株共400多株，包含植物病原真菌及内生真菌。其中大部分分离于采自中国江西、贵州、云南、浙江、广西、四川等省市的患病及健康植物组织样品，部分菌株分离于口岸截获的自美国、日本、巴西、意大利等国进口的植物样品。对所分离到的菌株进行形态学观察和分子系统学分析，结果表明，本研究分离得到的400多株间座壳属真菌归属于35个物种。包含新种17个，分别命名并描述为:D.acutispora、D.apiculata、D.biguttusis、D.compacta、D.elaeagni-glabrae、D.ellipicola、D.fusicola、D.incompleta、D.longicicola、D.oraccinii、D.ovoicicola、D.penetriteum、D.podocarpi-macrophylli、D.undulata、D.velutina、D.xishuangbanica和D.yunnanensis;己知种18个;不确定种10个。最新的《国际藻类、真菌及植物命名法则》认可的真菌物种描述语言为英语或拉丁语，本文采用英语描述。此外本研究着重调查了间座壳属真菌与石栎（Lithocarpus glaber）和茶树（Camellia sinensis）这两种具有重要生态价值和经济价值的植物之间的关系，极大地丰富了间座壳属真菌的物种多样性。研究结果也进一步证明，寄主专化性在间座壳属真菌分类学研究中意义不大。 本研究对我国的拟茎点霉属名录进行了整理，指出其中的错误鉴定种，明确了该属真菌在我国的分布。本研究认可其中117个物种在我国有分布，否定了前人对15个拟茎点霉物种的鉴定结果，并根据其形态特征将其归入相应种或待定。另外，根据“一菌一名”法则，间座壳属较拟茎点霉属更早被发表，具有优先权，因此被确定为该属的合法属名。而中国此前发表的所有物种均采用其无性型名称，给名称使用者带来不便。本研究选定中国报道的12个具有模式来源分子序列并在系统发育树上为单独分枝的拟茎点霉属物种，将其组合为间座壳属新组合或新名称，共建立11个新组合，1个新名称，分别是D.averrhoae、D.camptothecae、D.chimonanthi、D.eucommiae、D.eucommiicola、D.glabrae、D.lagerstroemiae、D.liquidambaris、D.loropetali、D.michelina、D.phyllanthicola和D.magnoliicola。 向日葵茎溃疡病菌（Diaporthe helianthi）、大豆北方茎溃疡病菌（Diaporthe phaseolorum var.caulivora）、大豆南方茎溃疡病菌（Diaporthe phaseolorum var.meridionalis）、蓝莓果腐病菌（Diaporthe vaccinii）和黄瓜黑色根腐病菌（Phomopsissclerotioides）被列为我国禁止进境检疫性有害生物。针对上述检疫性病原菌，本研究建立了基于TEF1和CAL条形码的速检疫鉴定方法并申报了行业标准。并且针对口岸微生物检疫存在的耗时长，误检、漏检率高等问题，建立间座壳属真菌物种标本、菌株及序列数据库，建立我国检疫性间座壳属真菌快速鉴定技术平台，服务国门生物安全和口岸一线检疫。