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在传统中药临床应用中，复方方剂的应用广泛，如何采用现代分析方法对复方中药效成分进行有效的表征，进而建立起研究复方配伍机理的分析平台，对创新中药的研究具有重要意义。
“麻黄附子甘草汤”来自我国古代名医张仲景的《伤寒论》，是中医治疗感冒的传统方剂，由麻黄6g、甘草6g和附子3g组成。本论文以经典方剂“麻黄附子甘草汤”为研究对象，以该方剂的物质基础研究为核心，利用质谱及其联用技术，对复方中麻黄，附子，甘草单煎及药对配伍共煎液中主要成分的变化规律进行了深入的研究。
首先，采用电喷雾质谱、高效液相-质谱联用及气相色谱-质谱联用技术对麻黄、甘草和附子中的主要成分进行分析，研究其特征断裂规律，并对建立了相应的定量分析方法。
其次，运用上述分析方法系统地研究了麻黄、甘草炮制前后化学成分的变化规律，发现炮制后，甘草中主要成分含量均降低，麻黄中主要生物碱含量升高。并基于含量分析结果对甘草、麻黄的炮制条件进行了优化。
在上述研究的基础上，对“麻黄甘草附子汤”中的药对及全方配伍的化学变化进行了研究。甘草与麻黄配伍时，甘草与麻黄中化合物存在两种作用，互相促进溶出作用和发生化学反应；甘草与附子配伍时，附子中易生成脂型生物碱，甘草具有吸附作用使附子中生物碱含量降低，并且附子类生物碱与甘草酸和甘草苷生成不溶于水的非共价化合物，从而造成了甘草酸和甘草苷含量的降低；麻黄与附子配伍没有显著变化，只是生物碱互相抑制溶出；全方中，甘草中化合物含量升高，其原因可能是碱性化合物促进溶出，附子中热解单酯型生物碱溶出增加的原因是麻黄中的生物碱与甘草中脂肪酸优先发生化学反应，使二萜类生物碱的加成反应减弱。麻黄中生物碱含量降低，一是因为麻黄中生物碱与甘草中酸性成分反应，二是因为附子中生物碱抑制其溶出。结合全方及各药昧有效部位的抗炎、镇痛、免疫增强三方面的药理实验，阐明了该方剂的药效物质基础以及方剂配伍的科学内涵。
针对方剂口服入药的特点，利用电喷雾多级串联质谱技术对甘草中主要的黄酮化合物-甘草苷、异甘草苷，进行了肠内菌代谢研究，对其在肠内菌中的代谢行为进行了分析。发现蜂蜜能够影响甘草苷、异甘草苷在人肠内菌中的代谢途径，加入蜂蜜后甘草素的含量稳定是甘草蜜炙后能够增强免疫力的一个重要原因。