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乳腺癌是女性最常见的一种恶性肿瘤。鉴定出与乳腺癌癌变相关的肿瘤特异性生物标志物以及病情发展过程中蛋白质的变化对揭示乳腺癌变机理,诊断,判断预后及个体化治疗是非常重要的。我们采用特定病理类型的乳腺癌组织作为研究材料,进行差异蛋白质组学研究能够增加样品的重复性和均一性,寻找到的肿瘤特异性生物标志物具有普遍的代表意义。而且从癌组织中提取出的蛋白可代表病变组织的全部蛋白质,体现体内的真实情况,本试验也是对实体瘤组织蛋白质组学研究的初步尝试。为了减少杂质的影响,对样品的取材及处理、细胞及组织破碎、溶解液的配制、沉淀方法、染色方法等进行优化,获得了较好的乳腺癌旁腺体组织十二烷基磺酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳图谱,具有可重复性,可以进行二维凝胶电泳及进一步的研究。通过二维电泳分离得到了5对乳腺癌及癌旁腺体组织的2-DE图像。用ImageMaster 2D Elite Platnum软件对所得到的全细胞蛋白的2-DE图谱进行分析,根据不同处理条件下2-DE图谱的匹配情况,对凝胶图谱中重复性好,在5例乳腺癌组织中丰度值发生2倍以上变化的3个蛋白质点质谱进行了鉴定。这些蛋白质点中有2个获得了完整的肽指纹图谱,进行MALDI-TOF-MS鉴定,然后利用PMF和蛋白质数据库检索,鉴定出2种与细胞周期活动、细胞分化、细胞外基质分泌活动以及肿瘤生长、转移和浸润等与乳腺癌发生发展相关的蛋白质VI型胶原蛋白α3和钙结合蛋白S100A11。本论文的结果表明:蛋白质组学方法是寻找和鉴定乳腺癌异常表达蛋白的有效的工具,为肿瘤特异性生物标志物的筛选与鉴定提供了新的方法;通过二维电泳和质谱分析乳腺癌组织中表达异常的蛋白质为实体瘤组织蛋白质组学研究摸索和积累了经验;选择同一临床分期,同一病理类型和同一免疫分型的乳腺癌组织为材料进行差异蛋白质组学研究能够增加样品的重复性和均一性,寻找到的肿瘤特异性生物标志物对乳腺癌发生、发展或转移相关机制的研究具有一定的意义。