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黑鲷（Acanthopagrus schlegelii）因其营养丰富,适应性强,生长速度快、经济价值高且具有广阔的发展前景等优点,深受广大养殖户青睐。近年来,由于水环境污染,过度捕捞等因素,导致天然黑鲷苗种种质资源量下降,群体遗传多样性大大降低,因此保护黑鲷的种质资源、使水产养殖业保持健康可持续发展迫在眉睫。本研究用AFLP技术对采自威海、烟台、北海、湛江、舟山、漳浦、福鼎、厦门、南澳和海口的10个野生黑鲷群体进行遗传学研究,用10对引物从300个黑鲷个体中共扩增出1678个多态性条带,平均多态位点比率（P）为74.74%,多态位点比率在63.84%-87.05%之间。平均每位点等位基因数（A）在1.6384-1.8705之间,平均值为1.7470;平均每位点有效等位基因数（Ae）在1.3090-1.5849之间,平均值为1.4347;Nei’s基因多样性指数（H）在0.1946-0.3291之间,平均值为0.2547;Shannon氏指数（I）在0.3049-0.4794之间,平均值为0.3817;结果表明,10个野生黑鲷群体的遗传多样性水平较高。对10个野生黑鲷群体进行遗传分化研究,结果表明,10个野生黑鲷群体遗传变异（Hs）平均值为0.2517,群体间的总遗传变异（Ht）平均值为0.4187,群体间遗传分化系数(Gst)平均值为0.3989,基因流（Nm）平均值为0.7535,表明中国沿海10个野生黑鲷群体之间有一定的基因交流,但是基因交流的程度相对较低,群体间的遗传分化程度较高。10个野生黑鲷群体的遗传相似度在0.686-0.878之间变化,遗传距离（D）在0.130-0.377之间变化,从UPGMA聚类分析图中可以看出,烟台、威海和舟山聚在一支,然后与北海、湛江、漳浦、厦门、海口、南澳、福鼎聚在一支。