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丙型肝炎病毒(Hepatitis C Virus，HCV)是一种严重危害人类健康的重要病原体，它主要通过输血、静脉注射、母婴垂直等方式感染致病，可引起慢性肝炎，肝硬化，甚至肝癌。HCV的基因组为单股正链RNA，长约9.6kb。根据其核苷酸序列的差异性，可将HCV分为6个主要的基因型，每个基因型又可分为多个亚型。HCV基因型的分布具有明显的地域差异，1-3型呈全球性流行，4-6型呈地方性流行。我国主要有1、2、3和6型4种HCV流行基因型，普通人群(GP)中主要流行1b亚型，其次为2a，静脉吸毒人群(IDUs)中则主要流行3型和6型。
江苏省地处经济发达的长三角地区，“沪宁线”贯穿于境内，与以上海为中心的东部沿海地区紧密相连，大量流动人口的频繁往来会有助于病毒的传播，尤其是高危人群的流动，可能会增加病毒跨区域传播的风险。利用现代病毒起源与进化分析方法，深入了解江苏省HCV不同基因型的进化与传播路径，对阐明江苏省HCV的分子流行病学特征和传播趋势，针对性制定防控策略具有重要的参考价值。鉴于此，我们搜集了江苏地区2010年1月到2012年9月期间来自不同城市包含IDUs和GP的血浆样本，进行HCV抗体检测，从617份HCV抗体阳性样本中提取病毒核酸，以HCV RNA为模板，采用逆转录巢氏PCR扩增C/E2和NS5B基因片段，测序后获得210条C/E2序列和212条NS5B序列，分别进行同源性分析，确定其基因型。其中270份(43.8％) HCV抗体阳性样本扩增分型成功，1a亚型4例(1.5％)，1b亚型142例(52.6％)，2a亚型26例(9.6％)，3a亚型18例(6.7％)，3b亚型34例(12.6％)，6a亚型30例(11.1％)，6n亚型11例(4.1％)，6u亚型1例(0.4％)，双感染3例(1.1％)，重组1例(0.4％)。对江苏省IDUs和GP中HCV亚型分布的比较发现，IDUs中3型和6型的流行比率(72.3％)显著高于1型和2型(26.4％，P=0.000)，而GP中1型和2型的流行比率(87.5％)显著高于3型和6型(11.4％，P=0.000)。对江苏省HCV各亚型地理分布的比较发现，苏南地区（包括南京、镇江、常州、无锡、苏州）亚型的分布复杂多样，至少存在9种流行亚型(1a，1b，2a，3a，3b，6a，6e，6n，6u)，而苏北地区（包括泰州和南通）亚型的布相对单调，主要以1b，2a为主，还包括少量的3b和6a。
采用BEAST种系地理学研究方法构建的最大分枝可信(MCC)树，表明1b的传播路径最为复杂多样，不仅存在从苏南地区到苏北地区的传播方向，还有从苏北地区传入苏南地区的方向以及苏北地区之间的传播方向。2a与3b有三条共同的传播路径，即从苏州分别传入南京，泰州和南通，且3b还存在从苏州到其他苏南城市的传播路径和从苏北地区传入苏南地区的路径。3a和6a的传播主要在苏南地区，且6a的传播仅起源于苏州，而3a还存在镇江地区的起源传播。江苏省主要流行亚型存在从苏南地区向苏北地区传播的趋势，而且它们在江苏地区有共同的传播起源地（苏州）。另外，系统进化分析还发现，江苏省静脉吸毒人群所流行的HCV基因型正在向普通人群扩散。HCV的传播存在从发达地区向不发达地区扩散传播的趋势，说明病毒的传播与人口的大规模流动密切相关，应重视对发达地区流动人口的监控。